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- EMDB-4590: Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit complexed with GSK3494245 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4590
タイトルLeishmania tarentolae proteasome 20S subunit complexed with GSK3494245
マップデータThis is the sharpened EM map which was used for building the protein coordinates
試料
  • 複合体: Proteasome 20S subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 2種
キーワードProteasome 20S subunit / hydrolase (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / hydrolase activity ...proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / hydrolase activity / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 3 / Proteasome subunit beta Pre3 / Proteasome subunit alpha2 / Proteasome subunit alpha4 / Proteasome subunit beta 1 / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 ...Proteasome subunit alpha 3 / Proteasome subunit beta Pre3 / Proteasome subunit alpha2 / Proteasome subunit alpha4 / Proteasome subunit beta 1 / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Putative proteasome alpha 7 subunit / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta ...Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Putative proteasome alpha 7 subunit / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania tarentolae (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rowland P / Goswami P
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Preclinical candidate for the treatment of visceral leishmaniasis that acts through proteasome inhibition.
著者: Susan Wyllie / Stephen Brand / Michael Thomas / Manu De Rycker / Chun-Wa Chung / Imanol Pena / Ryan P Bingham / Juan A Bueren-Calabuig / Juan Cantizani / David Cebrian / Peter D Craggs / Liam ...著者: Susan Wyllie / Stephen Brand / Michael Thomas / Manu De Rycker / Chun-Wa Chung / Imanol Pena / Ryan P Bingham / Juan A Bueren-Calabuig / Juan Cantizani / David Cebrian / Peter D Craggs / Liam Ferguson / Panchali Goswami / Judith Hobrath / Jonathan Howe / Laura Jeacock / Eun-Jung Ko / Justyna Korczynska / Lorna MacLean / Sujatha Manthri / Maria S Martinez / Lydia Mata-Cantero / Sonia Moniz / Andrea Nühs / Maria Osuna-Cabello / Erika Pinto / Jennifer Riley / Sharon Robinson / Paul Rowland / Frederick R C Simeons / Yoko Shishikura / Daniel Spinks / Laste Stojanovski / John Thomas / Stephen Thompson / Elisabet Viayna Gaza / Richard J Wall / Fabio Zuccotto / David Horn / Michael A J Ferguson / Alan H Fairlamb / Jose M Fiandor / Julio Martin / David W Gray / Timothy J Miles / Ian H Gilbert / Kevin D Read / Maria Marco / Paul G Wyatt /
要旨: Visceral leishmaniasis (VL), caused by the protozoan parasites and , is one of the major parasitic diseases worldwide. There is an urgent need for new drugs to treat VL, because current therapies ...Visceral leishmaniasis (VL), caused by the protozoan parasites and , is one of the major parasitic diseases worldwide. There is an urgent need for new drugs to treat VL, because current therapies are unfit for purpose in a resource-poor setting. Here, we describe the development of a preclinical drug candidate, GSK3494245/DDD01305143/compound 8, with potential to treat this neglected tropical disease. The compound series was discovered by repurposing hits from a screen against the related parasite Subsequent optimization of the chemical series resulted in the development of a potent cidal compound with activity against a range of clinically relevant and isolates. Compound 8 demonstrates promising pharmacokinetic properties and impressive in vivo efficacy in our mouse model of infection comparable with those of the current oral antileishmanial miltefosine. Detailed mode of action studies confirm that this compound acts principally by inhibition of the chymotrypsin-like activity catalyzed by the β5 subunit of the proteasome. High-resolution cryo-EM structures of apo and compound 8-bound 20S proteasome reveal a previously undiscovered inhibitor site that lies between the β4 and β5 proteasome subunits. This induced pocket exploits β4 residues that are divergent between humans and kinetoplastid parasites and is consistent with all of our experimental and mutagenesis data. As a result of these comprehensive studies and due to a favorable developability and safety profile, compound 8 is being advanced toward human clinical trials.
履歴
登録2019年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月17日-
マップ公開2019年4月17日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0667
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6qm7
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4590.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the sharpened EM map which was used for building the protein coordinates
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0667 / ムービー #1: 0.0667
最小 - 最大-0.36080435 - 0.6223543
平均 (標準偏差)0.0010117632 (±0.022238906)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.000321.000321.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.3610.6220.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteasome 20S subunit

全体名称: Proteasome 20S subunit
要素
  • 複合体: Proteasome 20S subunit
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha2 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha3 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha4 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha5 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha6 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha7 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta2 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta3 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta4 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta5 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta6 chain
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta7 chain
  • リガンド: ~{N}-[4-fluoranyl-3-(3-morpholin-4-ylimidazo[1,2-a]pyrimidin-7-yl)phenyl]pyrrolidine-1-carboxamide
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Proteasome 20S subunit

超分子名称: Proteasome 20S subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)

+
分子 #1: Proteasome alpha1 chain

分子名称: Proteasome alpha1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 27.178107 KDa
配列文字列: MNRAGFDKYI TVFSPEGSLY QVEYAFKAVT YPGLLTVAIR CKDAVLVVTQ HLIPDRLMRP DSVTALYEVT PNIGCCMTGR APDGRALVQ RAREEASDYQ YRYGVEIPIA VLAKRMGDKA QVRTQQAGLR PMGVVSTFIG MDQSDQDGSL KPQIYTVDPA G WTGGHIAC ...文字列:
MNRAGFDKYI TVFSPEGSLY QVEYAFKAVT YPGLLTVAIR CKDAVLVVTQ HLIPDRLMRP DSVTALYEVT PNIGCCMTGR APDGRALVQ RAREEASDYQ YRYGVEIPIA VLAKRMGDKA QVRTQQAGLR PMGVVSTFIG MDQSDQDGSL KPQIYTVDPA G WTGGHIAC AAGKKQVEAM AFLEKRQKST ELDALTQKEA AMIALAALQS AIGTAVKAKE VEVGRCTAAN PAFQRVPNSE VE EWLTAVA EAD

+
分子 #2: Proteasome alpha2 chain

分子名称: Proteasome alpha2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 25.179559 KDa
配列文字列: MSEAFYGLTT FSPSGKLIQI EYATTAAGKG TTALGVKATD GVVIAAKKKA PSTLVDASSI QKVFVLDEHV GCTYSGMGPD CRVLIDSAR KNCQQYKLMY NEPIPISQLV RKISAIYQEF TQSGGVRPFG CSLLVAGVDA NGYHLYQVDP SGTFWAWKAT A IGTGSPDA ...文字列:
MSEAFYGLTT FSPSGKLIQI EYATTAAGKG TTALGVKATD GVVIAAKKKA PSTLVDASSI QKVFVLDEHV GCTYSGMGPD CRVLIDSAR KNCQQYKLMY NEPIPISQLV RKISAIYQEF TQSGGVRPFG CSLLVAGVDA NGYHLYQVDP SGTFWAWKAT A IGTGSPDA KAFLEKRYTV DMELEDAVHT ALLTLKEGFD GQMTSENTQV GRVVENRFEI LSVDQLRDYL DQI

+
分子 #3: Proteasome alpha3 chain

分子名称: Proteasome alpha3 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 32.321438 KDa
配列文字列: MSHRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYAVEAIQQ AGTVIGVCTK DGVVLAGEKM VPHPLFDSES MQDKNTSGEK MYKIAEHIGC SVAGVTSDA YALLNYARLS ALRHQYTFQE PMAIEDLCRI LCDEKQLYTQ YGGVRPYGVS FLLVGWDRYY GYQLYSTEPS G DYSAWSAY ...文字列:
MSHRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYAVEAIQQ AGTVIGVCTK DGVVLAGEKM VPHPLFDSES MQDKNTSGEK MYKIAEHIGC SVAGVTSDA YALLNYARLS ALRHQYTFQE PMAIEDLCRI LCDEKQLYTQ YGGVRPYGVS FLLVGWDRYY GYQLYSTEPS G DYSAWSAY AIGQNDQVAH ALLKKDWHES MTLEDGMLLA LRVLGKTMDT AKIDLDRVEV AVMRKVPASN IDQLLDPFKH HP KTTPRFQ ILTRSELKPH AERADQAREA EEKAEAERQR QQEQALES

+
分子 #4: Proteasome alpha4 chain

分子名称: Proteasome alpha4 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 27.821605 KDa
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MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGL AAVGVLGSDS VVIAVEKKSA VKLQDSRTIR KIYKVDANIY LAFAGLSADA RVLINKAQL ECQRFSLNYE DTMDVDMLVR YVAGVQQKST QSGGSRPFGV ATVIGGFNED GKPHLWKTDP SGMCSAWRAV A IGRHDQTV IEYMEKSYKD GMSRDECVHF AIKSLLEVVE SGSRNIELLV LQYKEARYLT EEELQKFVVE VEKEREEEAA AK KKRQAEQ E

+
分子 #5: Proteasome alpha5 chain

分子名称: Proteasome alpha5 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 38.312316 KDa
配列文字列: MLLPRLFSFP VCWSRALSLV CVYHVSLSFP SNSRRLCATP LLPLPCLCKL PAGHSPRKRC LFSFLSCFLD LTYFCIISFL HSVSCHLCF PLRRTRARHP IMFTSKSEYD RGVNTFSPEG RIFQIEYAVE AIKLGSTSLG IRTPEGVVLA AEKRVPSTLV V PSSMSKIM ...文字列:
MLLPRLFSFP VCWSRALSLV CVYHVSLSFP SNSRRLCATP LLPLPCLCKL PAGHSPRKRC LFSFLSCFLD LTYFCIISFL HSVSCHLCF PLRRTRARHP IMFTSKSEYD RGVNTFSPEG RIFQIEYAVE AIKLGSTSLG IRTPEGVVLA AEKRVPSTLV V PSSMSKIM EVDSHIAAVM SGMVADARIL VEHARVESQN HRFTYNEPMS VESCTLATCD LSIQFGESGG RRKLMSRPFG VS LLIAGVD EKGPQLWQTD PSGTHTRYDA QAIGGGAEAA QSVFTERYHR NMTLEEGETL AVDILKQVME DQLSPENIEV AVV RADDGK LHMYTPTEIK AIMSRMPE

+
分子 #6: Proteasome alpha6 chain

分子名称: Proteasome alpha6 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 47.978633 KDa
配列文字列: MQSRKGEGWR DTGTDSLPPF SFCCSPAFSS PLAFGGEGAD GCAYILTHVC RYACIAALTL HSEGAERHMR VCVCVRRCAY NEMVLHQVV AFASLAPALH PLSPLPLPCM ATTHACCGLR VRSFSLKKSE KKNQQRRLQA PDLSQKTRTR TQKEKQTLQI Y LRCVMFKN ...文字列:
MQSRKGEGWR DTGTDSLPPF SFCCSPAFSS PLAFGGEGAD GCAYILTHVC RYACIAALTL HSEGAERHMR VCVCVRRCAY NEMVLHQVV AFASLAPALH PLSPLPLPCM ATTHACCGLR VRSFSLKKSE KKNQQRRLQA PDLSQKTRTR TQKEKQTLQI Y LRCVMFKN EYDSDITTWS PTGRLFQIEY ANEAVNNGSA TVGVKGKNFV VLAALKRSPV AELSSYQEKV FEIDEHVGMS IS GLVADGR VLARYLRTEC MNYRYMYSNG MPMNQMADMI GEKHQRHIQC SGKRPFGVGL LLAGYDRQGP HLYQTVPSGD VYD YKATAM GVRSQASRTY LERHFEHFSD CTLDELVTHA LKALASATSE GIELNVKNTT IAIVGKDTPF TIFEEESARK YLDG FKMRP EDRVAVAEED EEMLHEQPLD VEE

+
分子 #7: Proteasome alpha7 chain

分子名称: Proteasome alpha7 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 25.591826 KDa
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+
分子 #8: Proteasome beta1 chain

分子名称: Proteasome beta1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 30.28001 KDa
配列文字列: MLQRPDHTLL QEPAYPKDIA QKLTENGPAQ AGKQLFQPDP AVIDPQLSKA VSLGTTILAV SYNGGVVLAA DSRTSSGTYV VNRASNKLT KLTKKIYCCR SGSAADTQAL AERVSNYLGS YQTDIGAGVN VATAANLFQK MCYMNRWNIS AGIIVAGYDP I NGGSVYSI ...文字列:
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+
分子 #9: Proteasome beta2 chain

分子名称: Proteasome beta2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 27.60357 KDa
配列文字列: MPGFNFENVQ RNLNLEGEGY SAPRTLKTGT TIVGVVYRDG VVLGADTRAT EGSIVADKRC RKIHYMAPNI MCCGAGTSAD TEAVTNMVS SHLALHRLET GKQSRVLEAL TLLKRHLYRY QGHVSAALVL GGVDVEGPFL ATIAPHGSTD RLPFVTMGSG S IAAMAQLE ...文字列:
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+
分子 #10: Proteasome beta3 chain

分子名称: Proteasome beta3 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 22.470887 KDa
配列文字列: MSIMAYSGGS VMAMAGKECF VIISDNRLGE QLKTISTEVP KLHVVNDSIV YGLTGLRTDQ QTFANKVQFR TEMYKLREER DITGKAFAA MITSMLYEAR FGPWFVEPVI GSIDKSTGEV YLCATDLIGA PCEPEDYVCA GTAAESLHGM CEALWRPGMS P EELFEIAA ...文字列:
MSIMAYSGGS VMAMAGKECF VIISDNRLGE QLKTISTEVP KLHVVNDSIV YGLTGLRTDQ QTFANKVQFR TEMYKLREER DITGKAFAA MITSMLYEAR FGPWFVEPVI GSIDKSTGEV YLCATDLIGA PCEPEDYVCA GTAAESLHGM CEALWRPGMS P EELFEIAA QAMLSACDRD SLSGYGAVAM IVTKDKVTTR LIKGRKD

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分子 #11: Proteasome beta4 chain

分子名称: Proteasome beta4 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 23.065291 KDa
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MAETAIAFRC KDYVMVAAAG LNAFYYIKIT DAEDKITQLD THQLVACTGE NGPRVNFTEY IKCNLALNRM RQHGRHSSCE STANFMRNC LASAIRSREG AYQVNCLFAG YDTPVSEDDD GVVGPQLFYM DYLGTLQAVP YGCHGYGACF VTALLDRLWR P DLSQQEGL ELMQKCCDEV KRRVIISNSY FFVKAVTKNG VEVITAVH

+
分子 #12: Proteasome beta5 chain

分子名称: Proteasome beta5 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 33.704867 KDa
配列文字列: MFADFEAVTS SNFTLDDCPR VGPFTYHNMD EDTLEEPLSL CSYRRAPQQT DERSPASCDA VTADPLDSSR YLHGENRCWT LKVSCPVPR AIPKLDMKKG TTTLAFRFNG GIIVAVDSRA STGQYIASQT VMKVLEINDY LLGTLAGGAA DCQYWERVLG M ECRLWELR ...文字列:
MFADFEAVTS SNFTLDDCPR VGPFTYHNMD EDTLEEPLSL CSYRRAPQQT DERSPASCDA VTADPLDSSR YLHGENRCWT LKVSCPVPR AIPKLDMKKG TTTLAFRFNG GIIVAVDSRA STGQYIASQT VMKVLEINDY LLGTLAGGAA DCQYWERVLG M ECRLWELR NGSRITVAAA SKILANITYA YRNHGLSMGT MVAGWDQFGP SLYYVDDKGS RVKQDLFSVG SGSIYAYGVL DT GYRKDLS VEDACDLARR SIFHATYRDG ASGGIVTVYH VHEKGWTKIS RDDQTKLYHR YFPSQ

+
分子 #13: Proteasome beta6 chain

分子名称: Proteasome beta6 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 37.67691 KDa
配列文字列: MASSSPPLLP FSSFVVAVVA IHLSFRVFCV GAQSLCKCCS CVPACALPLC FSSSPSVSAE DVALALFAHP KVLTHRPTAR YSPILSLLH YAVMIEDHAE YGHNYYPQKL ASSTLTLPQQ GAKQQQWSPY QDNGGTTAAI AGKDFVILAG DTRLNGDFCL H SRHDQSKI ...文字列:
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+
分子 #14: Proteasome beta7 chain

分子名称: Proteasome beta7 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 24.737232 KDa
配列文字列: MASGGSVIAI KYKGGVLMAA DTLLSYGSLA KWPNIPRIRL LGSHSAVCAT GSYADFQMMA KQVEDNIERQ KMYHNVDELS PSEVFSYLH RSIYQKRCDF DPCLCQMVFI GVRDGETFLA GVDDVGTRWE DDCIATGYGA YIALPLLRQA LEKNPDGLSR G EAMRILTD ...文字列:
MASGGSVIAI KYKGGVLMAA DTLLSYGSLA KWPNIPRIRL LGSHSAVCAT GSYADFQMMA KQVEDNIERQ KMYHNVDELS PSEVFSYLH RSIYQKRCDF DPCLCQMVFI GVRDGETFLA GVDDVGTRWE DDCIATGYGA YIALPLLRQA LEKNPDGLSR G EAMRILTD CLRVLFYREC RAINKFQVAD AASDGVRISE PFDVETHWEY EGYCFEKTAI IR

+
分子 #15: ~{N}-[4-fluoranyl-3-(3-morpholin-4-ylimidazo[1,2-a]pyrimidin-7-yl...

分子名称: ~{N}-[4-fluoranyl-3-(3-morpholin-4-ylimidazo[1,2-a]pyrimidin-7-yl)phenyl]pyrrolidine-1-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: J6E
分子量理論値: 410.445 Da
Chemical component information

ChemComp-J6E:
~{N}-[4-fluoranyl-3-(3-morpholin-4-ylimidazo[1,2-a]pyrimidin-7-yl)phenyl]pyrrolidine-1-carboxamide

+
分子 #16: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 334 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 182775

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4r3o


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6qm7:
Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit complexed with GSK3494245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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