PDB-3h12: Crystal structure of putative mandelate racemase from Bordetella ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h12

タイトル

Crystal structure of putative mandelate racemase from Bordetella Bronchiseptica RB50

要素

mandelate racemase

マンデル酸ラセマーゼ

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC /

enolase (ホスホピルビン酸ヒドラターゼ) / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid catabolic process /

hydro-lyase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative mandelate racemase from Bordetella Bronchiseptica RB50
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h12.cif.gz	178.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h12.ent.gz	140.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ssz-1 4kpl-d 4f4r-1 4fi4-2 2qjj-3 3sjn-1 4fi4-1 2ovl-3 4gme-1 4gis-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-9280a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: mandelate racemase

B: mandelate racemase

ヘテロ分子

87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mandelate racemase

B: mandelate racemase

ヘテロ分子

A: mandelate racemase

B: mandelate racemase

ヘテロ分子

A: mandelate racemase

B: mandelate racemase

ヘテロ分子

A: mandelate racemase

B: mandelate racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
348 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.148, 116.148, 128.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-861- HOH
2	1	B-865- HOH

#1: タンパク質	mandelate racemase / マンデル酸ラセマーゼ分子量: 43461.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 株: RB50 / 遺伝子: BB4687 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q7WEE8, UniProt: A0A0H3LT39*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M Na-acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.4 % / Av σ(I) over netI: 20.57 / 数: 587240 / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 1.46 / D res high: 1.49 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 240271 / % possible obs: 88.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.04	50	85.2	1	0.025	1.488	2.8
3.21	4.04	86	1	0.03	1.664	2.7
2.8	3.21	87.5	1	0.041	1.979	2.7
2.55	2.8	88.8	1	0.053	2.092	2.7
2.37	2.55	89.4	1	0.06	1.856	2.7
2.23	2.37	90	1	0.071	1.864	2.6
2.11	2.23	90.3	1	0.082	1.872	2.5
2.02	2.11	90.6	1	0.101	1.834	2.5
1.94	2.02	91	1	0.124	1.57	2.4
1.88	1.94	91.1	1	0.16	1.529	2.4
1.82	1.88	91.1	1	0.19	1.389	2.4
1.77	1.82	91.3	1	0.225	1.252	2.4
1.72	1.77	91.4	1	0.281	1.094	2.4
1.68	1.72	91.9	1	0.332	1.04	2.3
1.64	1.68	91.4	1	0.396	0.998	2.3
1.61	1.64	91.7	1	0.464	0.967	2.3
1.57	1.61	91.3	1	0.553	0.966	2.3
1.54	1.57	90	1	0.598	0.872	2.2
1.52	1.54	84.5	1	0.711	0.921	2.1
1.49	1.52	69.9	1	0.785	0.87	2

反射

解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 240271 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 1.457 / Net I/σ(I): 20.574

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.49-1.52	2	0.785	9459	0.87	1	69.9
1.52-1.54	2.1	0.711	11412	0.921	1	84.5
1.54-1.57	2.2	0.598	12230	0.872	1	90
1.57-1.61	2.3	0.553	12371	0.966	1	91.3
1.61-1.64	2.3	0.464	12366	0.967	1	91.7
1.64-1.68	2.3	0.396	12483	0.998	1	91.4
1.68-1.72	2.3	0.332	12380	1.04	1	91.9
1.72-1.77	2.4	0.281	12380	1.094	1	91.4
1.77-1.82	2.4	0.225	12377	1.252	1	91.3
1.82-1.88	2.4	0.19	12341	1.389	1	91.1
1.88-1.94	2.4	0.16	12271	1.529	1	91.1
1.94-2.02	2.4	0.124	12380	1.57	1	91
2.02-2.11	2.5	0.101	12230	1.834	1	90.6
2.11-2.23	2.5	0.082	12231	1.872	1	90.3
2.23-2.37	2.6	0.071	12235	1.864	1	90
2.37-2.55	2.7	0.06	12047	1.856	1	89.4
2.55-2.8	2.7	0.053	12054	2.092	1	88.8
2.8-3.21	2.7	0.041	11828	1.979	1	87.5
3.21-4.04	2.7	0.03	11656	1.664	1	86
4.04-50	2.8	0.025	11540	1.488	1	85.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→8.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / WR_factor R_free: 0.164 / WR_factor R_work: 0.138 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.908 / SU B: 2.475 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.061 / SU R_free: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.173	6483	5 %	RANDOM
R_work	0.146	-	-	-
obs	0.147	128899	95.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.68 Å² / B_iso mean: 19.986 Å² / B_iso min: 8.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→8.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6026	0	2	781	6809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.021	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.453	1.941	8449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.593	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.383	23.436	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.655	15	997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.844	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.203	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.572	3.5	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.971	50	6221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.928	50	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.987	4.5	2224

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	449	-
R_work	0.318	8571	-
all	-	9020	-
obs	-	-	92.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2172	-0.0038	0.0069	0.1641	0.0337	0.2776	-0.0131	-0.0122	-0.0458	0.0177	-0.0055	0.0192	0.0444	-0.0234	0.0186	0.0143	-0.0048	0.0112	0.0032	-0.0006	0.0157	42.8756	29.166	27.7869
2	0.1637	0.0001	-0.0412	0.2334	-0.0093	0.2417	-0.0073	0.0275	-0.0013	-0.0204	-0.0077	0.0421	0.0247	-0.0489	0.015	0.0045	-0.0052	-0.0019	0.0193	-0.0091	0.0121	27.6977	45.3485	1.9409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 393
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	398 - 895
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 393
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	500
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	398 - 894

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)