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Yorodumi- PDB-4kpl: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacte... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kpl | ||||||
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Title | Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with Mg,d-mannonate and 2-keto-3-deoxy-d-gluconate | ||||||
Components | D-mannonate dehydratase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Enolase fold / D-MANNONATE DEHYDRATASE / D-MANNONATE / 2-KETO-3-DEOXY-D-GLUCONATE | ||||||
Function / homology | Function and homology information gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chromohalobacter salexigens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with Mg,d-mannonate and 2-keto-3-deoxy-d-gluconate Authors: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kpl.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kpl.ent.gz | 1008.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kpl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ow1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 45468.258 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chromohalobacter salexigens (bacteria) / Strain: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / Gene: Csal_2974 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q1QT89, mannonate dehydratase |
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-Non-polymers , 6 types, 1942 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CS2 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-KDG / #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.3 M MAGNESIUM FORMATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 7, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→41.816 Å / Num. all: 210043 / Num. obs: 210043 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3OW1 Resolution: 2→41.816 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 0 / Phase error: 20.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.486 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→41.816 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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