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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3.0E+47 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Yeast 20S Proteasome in Complex with Homobelactosin C | |||||||||
要素 | (Proteasome component ...プロテアソーム) x 14 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / proteasome (プロテアソーム) / ubiquitin (ユビキチン) / protein degradation (タンパク質分解) / inhibitor (酵素阻害剤) / immunology (免疫学) / Cytoplasm (細胞質) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Protease (プロテアーゼ) / Threonine protease / Ubl conjugation / Zymogen (酵素前駆体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Groll, M. / Larionov, O.V. / de Meijere, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Inhibitor-binding mode of homobelactosin C to proteasomes: new insights into class I MHC ligand generation 著者: Groll, M. / Larionov, O.V. / Huber, R. / de Meijere, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e47.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e47.ent.gz | 1005 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e47.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/3e47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/3e47 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-245 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 3-243 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 9-250 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 5-248 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 10-252 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 30-251 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cells are commercially available / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
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-非ポリマー , 2種, 860分子
#15: 化合物 | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | HOMOBELACTOSIN C IS LINKED TO THE THR1OG, BY FORMATION OF AN ACYL-ESTER. HOMOBELACTOSIN C FOLLOWS A ...HOMOBELACT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 20% MPD, 0.1M MES, 30mM MgAc2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月19日 / 詳細: Double focussing X-ray |
放射 | モノクロメーター: double-crystal Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 209872 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.436 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1ryp 解像度: 3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3598733.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.5395 Å2 / ksol: 0.299967 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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