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万見
- PDB-3dy3: Crystal structure of yeast 20S proteasome in complex with the epi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dy3
タイトルCrystal structure of yeast 20S proteasome in complex with the epimer form of spirolactacystin
要素(Proteasome component ...プロテアソーム) x 14
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Proteasome (プロテアソーム) / Inhibitor / Protein Degradation (タンパク質分解) / Ubiquitin-Proteasome-Pathway / Cytoplasm (細胞質) / Nucleus (Nucleus) / Protease (プロテアーゼ) / Threonine protease / Ubl conjugation / Phosphoprotein / Zymogen (酵素前駆体)
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SLR / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 ...Chem-SLR / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Groll, M. / Balskus, E. / Jacobsen, E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of spiro beta-lactone proteasome inhibitors.
著者: Groll, M. / Balskus, E.P. / Jacobsen, E.N.
履歴
登録2008年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome component Y7
B: Proteasome component Y13
C: Proteasome component PRE6
D: Proteasome component PUP2
E: Proteasome component PRE5
F: Proteasome component C1
G: Proteasome component C7-alpha
H: Proteasome component PUP1
I: Proteasome component PUP3
J: Proteasome component C11
K: Proteasome component PRE2
L: Proteasome component C5
M: Proteasome component PRE4
N: Proteasome component PRE3
O: Proteasome component Y7
P: Proteasome component Y13
Q: Proteasome component PRE6
R: Proteasome component PUP2
S: Proteasome component PRE5
T: Proteasome component C1
U: Proteasome component C7-alpha
V: Proteasome component PUP1
W: Proteasome component PUP3
X: Proteasome component C11
Y: Proteasome component PRE2
Z: Proteasome component C5
1: Proteasome component PRE4
2: Proteasome component PRE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)704,66930
ポリマ－704,20628
非ポリマー4622
水18,1231006
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area115320 Å2
ΔGint-350.9 kcal/mol
Surface area214300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.148, 301.860, 144.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2

#1: タンパク質 Proteasome component Y7 / プロテアソーム / Macropain subunit Y7 / Proteinase YSCE subunit 7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome component Y13 / プロテアソーム / Macropain subunit Y13 / Proteinase YSCE subunit 13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13


分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-245 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome component PRE6 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6


分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 3-243 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome component PUP2 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2


分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 9-250 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome component PRE5 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5


分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome component C1 / プロテアソーム / Macropain subunit C1 / Proteinase YSCE subunit 1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1


分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 5-248 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome component C7-alpha / プロテアソーム / Macropain subunit C7-alpha / Proteinase YSCE subunit 7 / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / ...Macropain subunit C7-alpha / Proteinase YSCE subunit 7 / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / SCL1 suppressor protein


分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 10-252 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 Proteasome component PUP1 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1


分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 30-251 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome component PUP3 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3


分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome component C11 / プロテアソーム / Macropain subunit C11 / Proteinase YSCE subunit 11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome component PRE2 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 76-287 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome component C5 / プロテアソーム / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 20-241 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome component PRE4 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 34-266 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome component PRE3 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 20-215 / 由来タイプ: 天然
詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: native purification / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

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非ポリマー , 2種, 1008分子

#15: 化合物 ChemComp-SLR / (3R,4R)-3-hydroxy-2-[(1S)-1-hydroxy-2-methylpropyl]-4-methyl-5-oxo-D-proline


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 231.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17NO5
詳細: Spirolactacystin epimer prepared by chemical synthesis
#16: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細SPIROLACTASYSTIN EPIMER IS COVALENTLY BOUND TO THR1 OF SUBUNITS BETA1, BETA2 AND BETA5 BY ESTER ...SPIROLACTASYSTIN EPIMER IS COVALENTLY BOUND TO THR1 OF SUBUNITS BETA1, BETA2 AND BETA5 BY ESTER BOND FORMATION.
配列の詳細PROTEASOME IS COMPOSED OF 28 SUBUNITS: ALPHA(1-7)-BETA(1-7)-BETA(1-7)-ALPHA(1-7)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M MES, 10 % MPD, 20 mM MgAc2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年6月30日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→99 Å / Num. all: 257298 / Num. obs: 252667 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル解像度: 2.81→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1RYP

1ryp


解像度: 2.81→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3376056.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 12532 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.216 252667 --
obs0.214 251657 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.1434 Å2 / ksol: 0.361889 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.36 Å20 Å2-8.69 Å2
2---22.65 Å20 Å2
3---9.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49548 0 30 1006 50584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 1933 5.1 %
Rwork0.321 35842 -
obs--87.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramslr.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4slr.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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