+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zcy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | yeast 20S proteasome:syringolin A-complex | ||||||
要素 | (Proteasome component ...プロテアソーム) x 14 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta sandwich / Cytoplasm (細胞質) / Nucleus (Nucleus) / Protease (プロテアーゼ) / Proteasome (プロテアソーム) / Threonine protease / Ubl conjugation / Phosphoprotein / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Groll, M. / Dudler, R. / Kaiser, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2008 タイトル: A plant pathogen virulence factor inhibits the eukaryotic proteasome by a novel mechanism 著者: Groll, M. / Schellenberg, B. / Bachmann, A.S. / Archer, C.R. / Huber, R. / Powell, T.K. / Lindow, S. / Kaiser, M. / Dudler, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zcy.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2zcy.ent.gz | 1011.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/2zcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/2zcy | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM0N1
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 31443.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: w303 / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
---|
-非ポリマー , 2種, 1024分子
#15: 化合物 | ChemComp-SRG / ( #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M MES, 12% MPD, 30mM MgAc2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→99 Å / Num. all: 256141 / Num. obs: 252555 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.89→2.94 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RYP 解像度: 2.9→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3370702.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.7678 Å2 / ksol: 0.353418 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.4 Å2
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
|