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万見
- PDB-2onp: Arg475Gln Mutant of Human Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase, c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2onp
タイトルArg475Gln Mutant of Human Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase, complexed with NAD+
要素Aldehyde dehydrogenaseアルデヒドデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDH (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / NAD / Rossmann Fold (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / nitroglycerin reductase activity / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase activity / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / nitroglycerin reductase activity / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase activity / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / carboxylesterase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / NAD binding / electron transfer activity / carbohydrate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グアニジン / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Larson, H.N. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional consequences of coenzyme binding to the inactive asian variant of mitochondrial aldehyde dehydrogenase: roles of residues 475 and 487.
著者: Larson, H.N. / Zhou, J. / Chen, Z. / Stamler, J.S. / Weiner, H. / Hurley, T.D.
履歴
登録2007年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,52599
ポリマ－435,7648
非ポリマー9,76091
水47,6862647
1
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,79050
ポリマ－217,8824
非ポリマー4,90846
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33240 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area57150 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,73449
ポリマ－217,8824
非ポリマー4,85245
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33080 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area56810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.854, 150.837, 177.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a tetramer. There are 3 biological untils in the assymmetric unit. The biological unit 1 consists of chain(s) A, B, C, D. The biological unit 2 consists of chain(s) E, F, G, H.

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase / アルデヒドデヒドロゲナーゼ / ALDH class 2 / ALDHI / ALDH-E2


分子量: 54470.562 Da / 分子数: 8 / 変異: R475Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2, ALDM / プラスミド: pT-7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P05091, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+)

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非ポリマー , 6種, 2738分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物...
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6
詳細: 100 mM ACES (N-[2-Acetamido]-2-aminoethane sufonic acid), 10mM MgCl2, 100 mM Guanidine HCl, 16% w/v PEG 6000, 8 mM DTT, pH 6.6, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンNSLS X26C21.1
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2000年11月1日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年6月3日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Yale mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2X26CSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.11
反射解像度: 2→99 Å / Num. all: 258649 / Num. obs: 251665 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.2 / Biso Wilson estimate: 25.764 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.25764 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.264 / Num. unique all: 22453 / Χ2: 0.912 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O01

1o01


解像度: 2→29.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 5559178 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 12682 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.207 257654 --
obs0.207 251213 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.863 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.7 Å20 Å20 Å2
2---7.88 Å20 Å2
3----8.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30368 0 636 2647 33651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.932.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 1188 5.2 %
Rwork0.294 21739 -
obs-22927 89.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramtopology.nad
X-RAY DIFFRACTION2water.paramcro-gnd-egy.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4parameter.nad
X-RAY DIFFRACTION5cro-gnd-egy.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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