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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2klj | ||||||
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タイトル | Solution Structure of gammaD-Crystallin with RDC and SAXS | ||||||
要素 | Gamma-crystallin D | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / gammaD-Crystallin / 3D structure / RDC / SAXS (X線小角散乱) / Cataract (白内障) / Disease mutation / Eye lens protein / Oxidation (酸化還元反応) / Polymorphism / Sensory transduction / Vision | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚 / cellular response to reactive oxygen species / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液散乱 / 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Zuo, X. / Yu, P. / Byeon, I. / Jung, J. / Gronenborn, A.M. / Wang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: Determination of multicomponent protein structures in solution using global orientation and shape restraints. 著者: Wang, J. / Zuo, X. / Yu, P. / Byeon, I.J. / Jung, J. / Wang, X. / Dyba, M. / Seifert, S. / Schwieters, C.D. / Qin, J. / Gronenborn, A.M. / Wang, Y.X. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: The Structure of the Cataract-Causing P23T Mutant of HgD Crystallin Exhibits Distinctive Local Conformational and Dynamic Changes 著者: Jung, J. / Byeon, I.L. / Wang, Y. / King, J. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2klj.cif.gz | 556.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2klj.ent.gz | 464.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2klj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/2klj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/2klj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20767.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07320 |
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-実験情報
-実験
実験 |
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NMR実験 | タイプ: 2D 1H-15N HSQC |
-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.02 / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-データ収集
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz |
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Soln scatter | タイプ: x-ray / Buffer name: 20 MM NACL 20 MM MES 5 MM DTT / Conc. range: 1.0-3.6 / Data analysis software list: GNOM Data reduction software list: MARDETECTOR, HOME- WRITTEN PROGRAM Detector specific: HOME-MADE / 検出器タイプ: CCD CAMERA / Mean guiner radius: 1.72 nm / Mean guiner radius esd: 0.03 nm / Num. of time frames: 20 / Protein length: 0.5 / Sample pH: 6.2 / Source beamline: 12-ID / Source class: Y / Source type: APS ARGONNE / 温度: 298 K |
-解析
NMR software | 名称: X-PLOR NIH / バージョン: 2.22 / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |
Soln scatter model | コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY Num. of conformers calculated: 100 / Num. of conformers submitted: 10 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: GNOM |