PDB-2h8o: The 1.6A crystal structure of the geranyltransferase from Agrobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h8o

タイトル

The 1.6A crystal structure of the geranyltransferase from Agrobacterium tumefaciens

要素

Geranyltranstransferase

(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Geranyltransferase /

Agrobacterium tumefaciens (アグロバクテリウム) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

isoprenoid biosynthetic process /

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The 1.6A crystal structure of the geranyltransferase from Agrobacterium tumefaciens
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h8o.cif.gz	73.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h8o.ent.gz	54 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3krc-2 3czr-d 3hfg-1 3h6k-2 3lji-1 3krp-2 3zcd-d 6je8-d 3hqp-10 3krf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6139

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Geranyltranstransferase

35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Geranyltranstransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.341, 79.807, 51.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

This protein existed as dimer. The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+2, -y, z

#1: タンパク質	Geranyltranstransferase / (2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ分子量: 35816.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: str. C58 / 遺伝子: ispA / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8UBX7, UniProt: Q7CWE5*PLUS, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Geranyltranstransferase /

(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ

分子量: 35816.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: str. C58 / 遺伝子: ispA / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8UBX7, UniProt: Q7CWE5*PLUS, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M NaH2PO4, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→51.85 Å / Num. all: 33621 / Num. obs: 33154 / % possible obs: 98.61 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 30.73
反射シェル	解像度: 1.6→1.642 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 2567 / % possible all: 86.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→33.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.882 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.084
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18804	1751	5 %	RANDOM
R_work	0.16813	-	-	-
all	0.16914	33621	-	-
obs	0.16914	33154	98.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.106 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.04 Å	0.031 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2114	0	0	331	2445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.186	1.986	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.58	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.002	24.388	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.121	15	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.488	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.31	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.005	1.5	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.181	1.5	588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.133	2	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.387	3	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.385	4.5	704

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	123	-
R_work	0.219	2110	-
obs	-	2233	86.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 60.726 Å / Origin y: 15.267 Å / Origin z: 8.436 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0658 Å²	-0.0087 Å²	-0.0064 Å²	-	0.0006 Å²	0.0218 Å²	-	-	-0.0053 Å²
L	0.8574 °²	-0.0611 °²	-0.0939 °²	-	1.3657 °²	-0.1145 °²	-	-	0.1803 °²
S	-0.0156 Å °	0.0894 Å °	0.2037 Å °	0.113 Å °	0.0116 Å °	0.0364 Å °	-0.0256 Å °	0.005 Å °	0.004 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 73	33 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	74 - 113	74 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	114 - 153	114 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	154 - 200	154 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	201 - 250	201 - 250
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	251 - 290	251 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	291 - 332	291 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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