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- PDB-2gxa: Crystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase with ss... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gxa
タイトルCrystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase with ssDNA and MgADP
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Replication protein E1DNA複製
キーワードreplication/DNA / DNA helicase (ヘリカーゼ) / AAA+ / ATPase (ATPアーゼ) / replication (DNA複製) / virus (ウイルス) / initiator protein / replication-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase activity / ヘリカーゼ / DNA複製 / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, large T-antigen D1 domain / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily ...Zinc finger, large T-antigen D1 domain / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Replication protein E1
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine papillomavirus type 1 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Enemark, E.J. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Mechanism of DNA translocation in a replicative hexameric helicase.
著者: Enemark, E.J. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2006年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
N: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Replication protein E1
B: Replication protein E1
C: Replication protein E1
D: Replication protein E1
E: Replication protein E1
F: Replication protein E1
G: Replication protein E1
H: Replication protein E1
I: Replication protein E1
J: Replication protein E1
K: Replication protein E1
L: Replication protein E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,34938
ポリマ－381,30014
非ポリマー5,04924
水27015
1
M: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Replication protein E1
B: Replication protein E1
C: Replication protein E1
D: Replication protein E1
E: Replication protein E1
F: Replication protein E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,40620
ポリマ－190,6507
非ポリマー2,75613
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
G: Replication protein E1
H: Replication protein E1
I: Replication protein E1
J: Replication protein E1
K: Replication protein E1
L: Replication protein E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,94318
ポリマ－190,6507
非ポリマー2,29311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.510, 100.881, 125.023
Angle α, β, γ (deg.)92.60, 111.46, 106.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The structure consists of 2 independent hexamers in complex with ssDNA and MgADP. Each is a unique biological assembly (hexamer 1: chains A-F, M, O1-6, X1-6; hexamer 2: chains G-L, N, O7-11, X7-11 ).

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 14分子 MNABCDEFGHIJKL

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 3909.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Replication protein E1 / DNA複製


分子量: 31123.447 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine papillomavirus type 1 (パピローマウイルス)
属: Deltapapillomavirus / 生物種: Bovine papillomavirus - 1 / 株: BPV-1 / 遺伝子: E1 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03116

-
非ポリマー , 4種, 39分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2H2O11
3KCL12
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 75701 / Num. obs: 74589 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 7550 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: composite of PDB ENTRY 1TUE and unpublished structure

1tue


解像度: 3.15→44.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 41133.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 3626 5.1 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 71517 91.9 %-
all-71517 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.9217 Å2 / ksol: 0.246589 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.21 Å25.07 Å214.02 Å2
2---10.63 Å2-2.67 Å2
3---7.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→44.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25787 262 310 15 26374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 493 5.3 %
Rwork0.388 8802 -
obs--70.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4adp.paramadp.top
X-RAY DIFFRACTION5dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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