PDB-2ftz: Crystal structure of Geranyltranstransferase (EC 2.5.1.10) (tm016...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ftz

タイトル

Crystal structure of Geranyltranstransferase (EC 2.5.1.10) (tm0161) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.90 A resolution

要素

geranyltranstransferase

(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / tm0161 / Geranyltranstransferase (EC 2.5.1.10) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process /

farnesyltranstransferase activity /

prenyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Geranyltranstransferase (EC 2.5.1.10) (tm0161) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

SEQUENCE THE PROTEIN WAS REDUCTIVELY METHYLATED PRIOR TO CRYSTALLIZATION.

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ftz.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ftz.ent.gz	57.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ftz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2ftz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2ftz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rtrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lvs-d 3lji-1 5grk-1 3p8l-d 5ayp-d 4wk5-1 5gnh-3 4kkm-d 3zmc-d 1zsq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282041

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: geranyltranstransferase

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: geranyltranstransferase

ヘテロ分子

A: geranyltranstransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.594, 138.594, 46.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-292- HOH
2	1	A-351- HOH

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	geranyltranstransferase / (2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ分子量: 33180.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / 遺伝子: tm0161 / プラスミド: MH4a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 4980655, UniProt: Q9WY08*PLUS, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 10.5 詳細: 0.2M NaCl, 20.0% PEG-8000, 0.1M CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月10日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→29.62 Å / Num. obs: 36302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	% possible all
1.9-1.95	100	6	0.475	1.6	2620	0.475	100
1.95-2	100	7.1	0.386	2	2567	0.386
2-2.06	100	7.2	0.268	2.8	2511	0.268
2.06-2.12	100	7.1	0.212	3.6	2436	0.212
2.12-2.19	100	7.1	0.17	4.5	2359	0.17
2.19-2.27	100	7.1	0.136	5.5	2282	0.136
2.27-2.36	100	7.1	0.115	6.4	2228	0.115
2.36-2.45	100	7.1	0.094	7.7	2136	0.094
2.45-2.56	100	7.1	0.093	7.4	2043	0.093
2.56-2.69	100	7	0.081	8.5	1951	0.081
2.69-2.83	100	7	0.067	10	1871	0.067
2.83-3	100	7	0.058	11.1	1787	0.058
3-3.21	100	6.9	0.052	12.2	1672	0.052
3.21-3.47	100	6.8	0.049	12.3	1576	0.049
3.47-3.8	100	6.7	0.048	12.4	1462	0.048
3.8-4.25	100	6.6	0.049	11.3	1324	0.049
4.25-4.91	100	6.2	0.05	11.5	1182	0.05
4.91-6.01	99.9	6.1	0.042	13.3	1008	0.042
6.01-8.5	100	6.8	0.029	18.7	810	0.029
8.5-29.62	96.5	5.9	0.022	25.9	477	0.022

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1rtr

1rtr

解像度: 1.9→29.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.853 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS (2) RESIDUES OF 211-221 WEREN'T VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. (3) ADDITIONAL DENSITY FOUND IN THE ACTIVE SITE WAS MODELED AS 2 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	1807	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
all	0.17	-	-	-
obs	0.17	36252	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2118	0	53	171	2342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	2	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.471	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.519	23.81	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.119	15.128	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.102	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.421	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.346	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.094	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.517	3	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.591	3	542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.448	5	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.121	8	983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.997	11	873

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	121	-
R_work	0.179	2499	-
all	-	2620	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.895	-0.498	-0.1496	1.8598	0.5384	0.6276	0.139	0.1944	0.0813	-0.3167	-0.1068	0.0389	-0.1075	-0.0981	-0.0322	0.0033	0.0529	-0.0011	0.0086	0.0298	-0.0801	28.7269	42.0084	13.5327
2	1.0821	-0.329	-0.1371	1.4275	0.168	0.6804	-0.0186	-0.0944	0.1755	0.006	0.0159	0.0761	-0.0299	-0.0517	0.0027	-0.064	0.0101	0.0089	-0.0503	0.0066	-0.0199	21.8786	51.353	29.2257

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	-3 - 120	9 - 132
2	2	121 - 272	133 - 284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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