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- PDB-1yhk: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yhk
タイトルTrypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase
要素farnesyl pyrophosphate synthaseジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / farnesyl pyrophosphate synthase (ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ) / farnesyl disphosphate synthase / mevalonate pathway (メバロン酸経路) / bisphosphonates (ビスホスホネート) / FPPS
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Farnesyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gabelli, S.B. / McLellan, J.S. / Montalvetti, A. / Oldfield, E. / Docampo, R. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Structure and mechanism of the farnesyl diphosphate synthase from Trypanosoma cruzi: Implications for drug design.
著者: Gabelli, S.B. / McLellan, J.S. / Montalvetti, A. / Oldfield, E. / Docampo, R. / Amzel, L.M.
履歴
登録2005年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4173
ポリマ－41,2251
非ポリマー1922
水5,044280
1
A: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8356
ポリマ－82,4512
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area7030 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area28710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.925, 57.925, 397.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

21A-621-

HOH

31A-635-

HOH

詳細The biological assembly (a dimer) is generated by a two fold axis.

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要素

#1: タンパク質 farnesyl pyrophosphate synthase / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ


分子量: 41225.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL12
参照: UniProt: Q8WS26, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97929 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→65.94 Å / Num. obs: 21828

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Selenomethionine replaced protein model (MAD)

解像度: 2.1→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.448 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22686 1172 5.1 %RANDOM
Rwork0.17308 ---
obs0.17581 21828 93.95 %-
all-21828 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2873 0 10 280 3163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0222946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0881.9483994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05636150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.22931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21538
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3611.51794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38522896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.81131152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9544.51098
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.158 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.305 71
Rwork0.217 1433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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