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万見
- PDB-1lss: KTN Mja218 CRYSTAL STRUCTURE IN COMPLEX WITH NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lss
タイトルKTN Mja218 CRYSTAL STRUCTURE IN COMPLEX WITH NAD+
要素Trk system potassium uptake protein trkA homolog
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / KTN DOMAIN / NAD / RCK DOMAIN / POTASSIUM TRANSPORT / POTASSIUM CHANNEL (カリウムチャネル) / KtrA / Rossmann Fold (ロスマンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium ion transmembrane transporter activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium uptake protein TrkA / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Potassium uptake protein TrkA / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Trk system potassium uptake protein TrkA homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roosild, T.P. / Miller, S. / Booth, I.R. / Choe, S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: A mechanism of regulating transmembrane potassium flux through a ligand-mediated conformational switch.
著者: Roosild, T.P. / Miller, S. / Booth, I.R. / Choe, S.
履歴
登録2002年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42020年3月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
B: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
C: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
D: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5248
ポリマ－60,8704
非ポリマー2,6544
水5,314295
1
A: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
B: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
C: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
D: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
ヘテロ分子

A: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
B: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
C: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
D: Trk system potassium uptake protein trkA homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,04816
ポリマ－121,7418
非ポリマー5,3078
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area25130 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area42950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.000, 74.400, 86.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Trk system potassium uptake protein trkA homolog / K(+)-uptake protein trkA homolog


分子量: 15217.599 Da / 分子数: 4 / 断片: KTN Domain, Residues 1-136 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: KtrA / プラスミド: pHis8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: Q58505
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Magnesium Formate, Ammonium Citrate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16-8 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
31 mMdithiothreitol1drop
41 mMNAD(H)1drop
5200 mMmagnesium formate1reservoir
675 mMammonium citrate1reservoir
7100 mMMES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0451 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月11日
放射モノクロメーター: Berylium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0451 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 26238 / Num. obs: 23827 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1861 / % possible all: 72.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2020727.83 / Data cutoff high rms absF: 2020727.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1178 4.9 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all-23004 --
obs-20152 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.1194 Å2 / ksol: 0.320391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.79 Å20 Å20 Å2
2--8.1 Å20 Å2
3----4.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4036 0 176 300 4512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 149 5.2 %
Rwork0.3 2713 -
obs--65 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3NAD_XPLOR_PAR.TXT
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 23827 / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0077
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.208
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.371 / Rfactor Rwork: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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