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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hqc | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF RUVB FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 | ||||||
要素 | RUVBRuvABC | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / extended AAA-ATPase domain / RuvB / complex with nucleotide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / ヘリカーゼ / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Yamada, K. / Kunishima, N. / Mayanagi, K. / Iwasaki, H. / Morikawa, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the Holliday junction migration motor protein RuvB from Thermus thermophilus HB8. 著者: Yamada, K. / Kunishima, N. / Mayanagi, K. / Ohnishi, T. / Nishino, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hqc.cif.gz | 119 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hqc.ent.gz | 96.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36050.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: RUVB / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SL87, EC: 3.6.1.3 #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, sodium chloride, magnesium chloride, ADP, AMPPNP, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.885 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月28日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.885 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→12 Å / Num. all: 22248 / Num. obs: 21630 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 8.36 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.2→12 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 102 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.263 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 102 Å2 |