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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1efc | ||||||
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タイトル | INTACT ELONGATION FACTOR FROM E.COLI | ||||||
要素 | PROTEIN (ELONGATION FACTOR) | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / TRANSPORT AND PROTECTION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanyl-nucleotide exchange factor complex / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Song, H. / Parsons, M.R. / Rowsell, S. / Leonard, G. / Phillips, S.E.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of intact elongation factor EF-Tu from Escherichia coli in GDP conformation at 2.05 A resolution. 著者: Song, H. / Parsons, M.R. / Rowsell, S. / Leonard, G. / Phillips, S.E. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: An Alpha to Beta Conformational Switch in EF-TU 著者: Abel, K. / Yoder, M.D. / Hilgenfeld, R. / Jurnak, F. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Helix Unwinding in the Effector Region of Elongation Factor EF-TU-Gdp 著者: Polekhina, G. / Thirup, S. / Kjeldgaard, M. / Nissen, P. / Lippmann, C. / Nyborg, J. #3: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of the Ternary Complex of Phe-tRNA, EF-TU and GTP Analogue 著者: Nissen, P. / Kjeldgaard, M. / Thirup, S. / Polekhina, G. / Reshetnikova, L. / Clark, B.F.C. / Nyborg, J. #4: ジャーナル: Structure / 年: 1993 タイトル: The Crystal Structure of Elongation Factor EF-TU from T. Aquaticus in the GTP Conformation 著者: Kjeldgaard, M. / Nissen, P. / Thirup, S. / Nyborg, J. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Refined Structure of Elongation Factor EF-TU from E. Coli 著者: Kjeldgaard, M. / Nyborg, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1efc.cif.gz | 170.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1efc.ent.gz | 134.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1efc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43239.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6N1, UniProt: P0CE47*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | EF-TU IS CODED FOR BY TWO DIFFERENT GENES. THE SEQUENCE STRUCTURE ANALYSIS CARRIED OUT ON THIS ...EF-TU IS CODED FOR BY TWO DIFFERENT GENES. THE SEQUENCE STRUCTURE ANALYSIS CARRIED OUT ON THIS MIXTURE SHOWS THAT THE C-TERMINAL RESIDUE OCCURS AS GLY/SER IN THE RATIO OF 3/ 1. THIS RESIDUE IS IDENTIFIED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97899,0.97916,0.91850 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月15日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.05→25 Å / Num. obs: 61876 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / % possible all: 91.7 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 217915 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→10 Å
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拘束条件 |
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