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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ha4 | ||||||
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タイトル | GammaS crystallin C terminal domain from Homo Sapiens | ||||||
要素 | GAMMA CRYSTALLIN S | ||||||
キーワード | EYE LENS PROTEIN / GAMMAS CRYSTALLIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚 / morphogenesis of an epithelium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Purkiss, A.G. / Slingsby, C. / Bateman, O.A. / Goodfellow, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: The X-Ray Crystal Structure of Human Gamma S-Crystallin C-Terminal Domain 著者: Purkiss, A.G. / Bateman, O.A. / Goodfellow, J.M. / Lubsen, N.H. / Slingsby, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ha4.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ha4.ent.gz | 35.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ha4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1ha4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1ha4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1a7hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10427.862 Da / 分子数: 2 / 断片: C TERMINAL DOMAIN RESIDUES 91-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 器官: EYE / Organelle: EYE-LENS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22914 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.308 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 24% PEG MONOMETHYLETHER, pH 5.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 2000年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→48.7 Å / Num. obs: 10955 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 32.439 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.107 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 71559 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 809 / Num. measured obs: 4790 / Rmerge(I) obs: 0.107 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A7H 解像度: 2.4→100 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: ALSO USED CCP4 PROGRAMS REFMAC, FFT, MAPMASK AND ARPP FOR SOME REFINEMENT ROUNDS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: SHELL MODEL / Bsol: 49.795 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.904 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 100 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |