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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8123 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with the cricket paralysis virus IRES and eEF2 | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 | eEF2 != Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with the cricket paralysis virus IRES and eEF2 eEF2
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome ...response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Kluyveromyces lactis (酵母) / Cricket paralysis virus (ウイルス) / Saccharomyces cerevisiae P283 (パン酵母) / Yeast (酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Murray J / Savva CG / Shin BS / Dever TE / Ramakrishnan V / Fernandez IS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES. 著者: Jason Murray / Christos G Savva / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / V Ramakrishnan / Israel S Fernández / 要旨: Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps ...Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps before the first peptidyl transfer are essential for the initiation of translation by these mRNAs. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM) we have structurally characterized at high resolution how the Cricket Paralysis Virus Internal Ribosomal Entry Site (CrPV-IRES) binds the small ribosomal subunit (40S) and the translocation intermediate stabilized by elongation factor 2 (eEF2). The CrPV-IRES restricts tvhe otherwise flexible 40S head to a conformation compatible with binding the large ribosomal subunit (60S). Once the 60S is recruited, the binary CrPV-IRES/80S complex oscillates between canonical and rotated states (Fernández et al., 2014; Koh et al., 2014), as seen for pre-translocation complexes with tRNAs. Elongation factor eEF2 with a GTP analog stabilizes the ribosome-IRES complex in a rotated state with an extra ~3 degrees of rotation. Key residues in domain IV of eEF2 interact with pseudoknot I (PKI) of the CrPV-IRES stabilizing it in a conformation reminiscent of a hybrid tRNA state. The structure explains how diphthamide, a eukaryotic and archaeal specific post-translational modification of a histidine residue of eEF2, is involved in translocation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8123.map.gz | 117 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8123-v30.xml emd-8123.xml | 110.6 KB 110.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8123_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8123.png | 141.1 KB | ||
マスクデータ | emd_8123_msk_1.map emd_8123_msk_2.map | 125 MB 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_8123_additional_1.map.gz emd_8123_additional_2.map.gz emd_8123_half_map_1.map.gz emd_8123_half_map_2.map.gz | 20.3 MB 97.2 MB 98 MB 98.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8123 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8123 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8123.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_8123_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_8123_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_8123_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_8123_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_8123_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_8123_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : eEF2
+超分子 #1: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with the cricket par...
+超分子 #2: Kluyveromyces lactis 80S ribosome
+超分子 #3: Cricket paralysis virus IRES
+超分子 #4: eEF2
+分子 #1: 25S ribosomal RNA
+分子 #82: cricket paralysis virus IRES
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #81: 18S ribosomal RNA
+分子 #4: KLLA0D16027p
+分子 #5: 60S ribosomal protein L3
+分子 #6: KLLA0B07139p
+分子 #7: KLLA0D06941p
+分子 #8: KLLA0B04686p
+分子 #9: KLLA0D03410p
+分子 #10: KLLA0E00573p
+分子 #11: KLLA0F04499p
+分子 #12: KLLA0D05643p
+分子 #13: KLLA0F08261p
+分子 #14: 60S ribosomal protein L13
+分子 #15: KLLA0B13409p
+分子 #16: Ribosomal protein L15
+分子 #17: KLLA0F04675p
+分子 #18: KLLA0A06336p
+分子 #19: KLLA0A07227p
+分子 #20: KLLA0E12453p
+分子 #21: 60S ribosomal protein L20
+分子 #22: KLLA0E23651p
+分子 #23: KLLA0D05181p
+分子 #24: KLLA0E06997p
+分子 #25: 60S ribosomal protein L24
+分子 #26: 60S ribosomal protein L25
+分子 #27: KLLA0B05742p
+分子 #28: KLLA0E03455p
+分子 #29: RPL28
+分子 #30: KLLA0D16071p
+分子 #31: 60S ribosomal protein L30
+分子 #32: KLLA0B02937p
+分子 #33: KLLA0E06843p
+分子 #34: KLLA0D07405p
+分子 #35: KLLA0C08371p
+分子 #36: KLLA0F05247p
+分子 #37: 60S ribosomal protein L36
+分子 #38: Ribosomal protein L37
+分子 #39: KLLA0C18216p
+分子 #40: 60S ribosomal protein L39
+分子 #41: Ubiquitin fusion protein
+分子 #42: 60S ribosomal protein L41-A
+分子 #43: 60S ribosomal protein L44
+分子 #44: KLLA0E05941p
+分子 #45: Ribosomal protein
+分子 #46: 60S acidic ribosomal protein P0
+分子 #47: uL11
+分子 #48: 40S ribosomal protein S0
+分子 #49: 40S ribosomal protein S1
+分子 #50: KLLA0F09812p
+分子 #51: KLLA0D08305p
+分子 #52: 40S ribosomal protein S4
+分子 #53: KLLA0D10659p
+分子 #54: 40S ribosomal protein S6
+分子 #55: KLLA0C13519p
+分子 #56: 40S ribosomal protein S8
+分子 #57: KLLA0E23673p
+分子 #58: KLLA0B08173p
+分子 #59: KLLA0A10483p
+分子 #60: 40S ribosomal protein S12
+分子 #61: KLLA0F18040p
+分子 #62: 40S ribosomal protein S14
+分子 #63: KLLA0F07843p
+分子 #64: 40S ribosomal protein S16
+分子 #65: KLLA0B01474p
+分子 #66: KLLA0B01562p
+分子 #67: KLLA0A07194p
+分子 #68: KLLA0F25542p
+分子 #69: 40S ribosomal protein S21
+分子 #70: 40S ribosomal protein S22
+分子 #71: RPS23
+分子 #72: 40S ribosomal protein S24
+分子 #73: KLLA0B06182p
+分子 #74: KLLA0D05115p
+分子 #75: 40S ribosomal protein S27
+分子 #76: 40S ribosomal protein S28
+分子 #77: 40S ribosomal protein S29
+分子 #78: KLLA0C04809p
+分子 #79: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
+分子 #80: KLLA0E12277p
+分子 #83: Eft2p
+分子 #84: MAGNESIUM ION
+分子 #85: ZINC ION
+分子 #86: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
+分子 #87: (2S)-1-amino-N,N,N-trimethyl-1-oxobutan-2-aminium
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 / 構成要素 - 濃度: 20.0 millimolar / 構成要素 - 名称: MES-KOH |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-5it7: |