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- PDB-5it7: Structure of the Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5it7
タイトルStructure of the Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with the cricket paralysis virus IRES and eEF2
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 14
  • (60S ribosomal protein ...) x 10
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Eft2p
  • KLLA0A06336p
  • KLLA0A07194p
  • KLLA0A07227p
  • KLLA0A10483p
  • KLLA0B01474p
  • KLLA0B01562p
  • KLLA0B02937p
  • KLLA0B04686p
  • KLLA0B05742p
  • KLLA0B06182p
  • KLLA0B07139p
  • KLLA0B08173p
  • KLLA0B13409p
  • KLLA0C04809p
  • KLLA0C08371p
  • KLLA0C13519p
  • KLLA0C18216p
  • KLLA0D03410p
  • KLLA0D05115p
  • KLLA0D05181p
  • KLLA0D05643p
  • KLLA0D06941p
  • KLLA0D07405p
  • KLLA0D08305p
  • KLLA0D10659p
  • KLLA0D16027p
  • KLLA0D16071p
  • KLLA0E00573p
  • KLLA0E03455p
  • KLLA0E05941p
  • KLLA0E06843p
  • KLLA0E06997p
  • KLLA0E12277p
  • KLLA0E12453p
  • KLLA0E23651p
  • KLLA0E23673p
  • KLLA0F04499p
  • KLLA0F04675p
  • KLLA0F05247p
  • KLLA0F07843p
  • KLLA0F08261p
  • KLLA0F09812p
  • KLLA0F18040p
  • KLLA0F25542p
  • RPL2860S ribosomal protein L28
  • RPS2340S ribosomal protein S23
  • Ribosomal protein
  • Ubiquitin fusion protein
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • cricket paralysis virus IRES
  • uL11
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translocation / IRES / eEF2
機能・相同性
機能・相同性情報


response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome ...response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / : / Ribosomal protein S12e / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 ...60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / : / Ribosomal protein S12e / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein L29e / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S25 / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein L1 / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal L27e protein family / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-1-amino-N,N,N-trimethyl-1-oxobutan-2-aminium / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / : / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA/RNA hybrid (> 100) / DNA/RNA hybrid (> 1000) / リボ核酸 ...(2S)-1-amino-N,N,N-trimethyl-1-oxobutan-2-aminium / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / : / : / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA/RNA hybrid (> 100) / DNA/RNA hybrid (> 1000) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL3 / KLLA0F09812p / KLLA0F08261p / KLLA0F07843p / KLLA0F05247p / KLLA0F04675p / KLLA0F04499p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / KLLA0E23651p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12453p / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / KLLA0E06997p / KLLA0E06843p / KLLA0E05941p / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0E03455p / 60S ribosomal protein L29 / KLLA0D16027p / 60S ribosomal protein L36 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / KLLA0D07405p / KLLA0D06941p / KLLA0D05643p / KLLA0D05181p / 40S ribosomal protein S26 / KLLA0D03410p / KLLA0C18216p / 40S ribosomal protein S7 / KLLA0C08371p / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L37 / KLLA0B13409p / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / KLLA0B07139p / 40S ribosomal protein S25 / 60S acidic ribosomal protein P0 / KLLA0B05742p / Small ribosomal subunit protein eS1 / KLLA0B04686p / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B02937p / Ribosomal protein / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07227p / KLLA0A07194p / KLLA0A06336p / Small ribosomal subunit protein eS21 / 60S ribosomal protein L13 / RPS23 / Small ribosomal subunit protein uS9 / RPL28 / Ubiquitin fusion protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Cricket paralysis virus (ウイルス)
Saccharomyces cerevisiae P283 (パン酵母)
Kluyveromyces lactis (酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Murray, J. / Savva, C.G. / Shin, B.S. / Dever, T.E. / Ramakrishnan, V. / Fernandez, I.S.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
National Institutes of HealthIntramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES.
著者: Jason Murray / Christos G Savva / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / V Ramakrishnan / Israel S Fernández /
要旨: Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps ...Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps before the first peptidyl transfer are essential for the initiation of translation by these mRNAs. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM) we have structurally characterized at high resolution how the Cricket Paralysis Virus Internal Ribosomal Entry Site (CrPV-IRES) binds the small ribosomal subunit (40S) and the translocation intermediate stabilized by elongation factor 2 (eEF2). The CrPV-IRES restricts tvhe otherwise flexible 40S head to a conformation compatible with binding the large ribosomal subunit (60S). Once the 60S is recruited, the binary CrPV-IRES/80S complex oscillates between canonical and rotated states (Fernández et al., 2014; Koh et al., 2014), as seen for pre-translocation complexes with tRNAs. Elongation factor eEF2 with a GTP analog stabilizes the ribosome-IRES complex in a rotated state with an extra ~3 degrees of rotation. Key residues in domain IV of eEF2 interact with pseudoknot I (PKI) of the CrPV-IRES stabilizing it in a conformation reminiscent of a hybrid tRNA state. The structure explains how diphthamide, a eukaryotic and archaeal specific post-translational modification of a histidine residue of eEF2, is involved in translocation.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / em_software ...em_image_scans / em_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _em_software.name / _em_software.version
改定 1.22018年3月28日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: 25S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
AA: KLLA0D16027p
BB: 60S ribosomal protein L3
CC: KLLA0B07139p
DD: KLLA0D06941p
EE: KLLA0B04686p
FF: KLLA0D03410p
GG: KLLA0E00573p
HH: KLLA0F04499p
II: KLLA0D05643p
JJ: KLLA0F08261p
LL: 60S ribosomal protein L13
MM: KLLA0B13409p
NN: Ribosomal protein L15
OO: KLLA0F04675p
PP: KLLA0A06336p
QQ: KLLA0A07227p
RR: KLLA0E12453p
SS: 60S ribosomal protein L20
TT: KLLA0E23651p
UU: KLLA0D05181p
VV: KLLA0E06997p
WW: 60S ribosomal protein L24
XX: 60S ribosomal protein L25
YY: KLLA0B05742p
ZZ: KLLA0E03455p
aa: RPL28
bb: KLLA0D16071p
cc: 60S ribosomal protein L30
dd: KLLA0B02937p
ee: KLLA0E06843p
ff: KLLA0D07405p
gg: KLLA0C08371p
hh: KLLA0F05247p
ii: 60S ribosomal protein L36
jj: Ribosomal protein L37
kk: KLLA0C18216p
ll: 60S ribosomal protein L39
mm: Ubiquitin fusion protein
nn: 60S ribosomal protein L41-A
oo: 60S ribosomal protein L44
pp: KLLA0E05941p
qq: Ribosomal protein
rr: 60S acidic ribosomal protein P0
KK: uL11
A: 40S ribosomal protein S0
B: 40S ribosomal protein S1
C: KLLA0F09812p
D: KLLA0D08305p
E: 40S ribosomal protein S4
F: KLLA0D10659p
G: 40S ribosomal protein S6
H: KLLA0C13519p
I: 40S ribosomal protein S8
J: KLLA0E23673p
K: KLLA0B08173p
L: KLLA0A10483p
M: 40S ribosomal protein S12
N: KLLA0F18040p
O: 40S ribosomal protein S14
P: KLLA0F07843p
Q: 40S ribosomal protein S16
R: KLLA0B01474p
S: KLLA0B01562p
T: KLLA0A07194p
U: KLLA0F25542p
V: 40S ribosomal protein S21
W: 40S ribosomal protein S22
X: RPS23
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: KLLA0B06182p
a: KLLA0D05115p
b: 40S ribosomal protein S27
c: 40S ribosomal protein S28
d: 40S ribosomal protein S29
e: KLLA0C04809p
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
g: KLLA0E12277p
2: 18S ribosomal RNA
4: cricket paralysis virus IRES
1: Eft2p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,190,108171
ポリマ－3,187,10583
非ポリマー3,00388
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 54

#1: DNA/RNAハイブリッド 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1056706.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#82: DNA/RNAハイブリッド cricket paralysis virus IRES


分子量: 60732.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricket paralysis virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 782

#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 768843563
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50293.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 820806853
#81: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579239.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 49642208

+
タンパク質 , 52種, 52分子 AACCDDEEFFGGHHIIJJMMOOPPQQRRTTUUVVYYZZaabbddeeffgghhkkmmppqq...

#4: タンパク質 KLLA0D16027p


分子量: 26843.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CQM3
#6: タンパク質 KLLA0B07139p


分子量: 38993.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW41
#7: タンパク質 KLLA0D06941p


分子量: 33734.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRR9
#8: タンパク質 KLLA0B04686p


分子量: 19492.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWE7
#9: タンパク質 KLLA0D03410p


分子量: 25111.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CS71
#10: タンパク質 KLLA0E00573p


分子量: 25954.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: B4UN96
#11: タンパク質 KLLA0F04499p


分子量: 21730.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLA6
#12: タンパク質 KLLA0D05643p


分子量: 24997.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRX7
#13: タンパク質 KLLA0F08261p


分子量: 19203.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKT4
#15: タンパク質 KLLA0B13409p


分子量: 14835.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CVB1
#17: タンパク質 KLLA0F04675p


分子量: 22254.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CL98
#18: タンパク質 KLLA0A06336p


分子量: 20322.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXQ6
#19: タンパク質 KLLA0A07227p


分子量: 20479.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXL8
#20: タンパク質 KLLA0E12453p


分子量: 21688.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNH9
#22: タンパク質 KLLA0E23651p


分子量: 17969.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM20
#23: タンパク質 KLLA0D05181p


分子量: 11419.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRZ8
#24: タンパク質 KLLA0E06997p


分子量: 13997.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CP75
#27: タンパク質 KLLA0B05742p


分子量: 14127.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW97
#28: タンパク質 KLLA0E03455p


分子量: 15398.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPN9
#29: タンパク質 RPL28 / 60S ribosomal protein L28


分子量: 16382.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q8J287
#30: タンパク質 KLLA0D16071p


分子量: 6500.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CQM1
#32: タンパク質 KLLA0B02937p


分子量: 12360.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWM6
#33: タンパク質 KLLA0E06843p


分子量: 13941.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CP82
#34: タンパク質 KLLA0D07405p


分子量: 11863.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRP7
#35: タンパク質 KLLA0C08371p


分子量: 13579.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU17
#36: タンパク質 KLLA0F05247p


分子量: 13677.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CL71
#39: タンパク質 KLLA0C18216p


分子量: 8794.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CSS8
#41: タンパク質 Ubiquitin fusion protein


分子量: 5933.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q9Y854
#44: タンパク質 KLLA0E05941p


分子量: 9497.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPC5
#45: タンパク質 Ribosomal protein /


分子量: 24554.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWR9
#46: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 /


分子量: 21411.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW89
#47: タンパク質 uL11


分子量: 12528.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#50: タンパク質 KLLA0F09812p


分子量: 23162.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKL3
#51: タンパク質 KLLA0D08305p


分子量: 24830.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRK7
#53: タンパク質 KLLA0D10659p


分子量: 22912.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRA3
#55: タンパク質 KLLA0C13519p


分子量: 21033.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CTD6
#57: タンパク質 KLLA0E23673p


分子量: 20882.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM18
#58: タンパク質 KLLA0B08173p


分子量: 11423.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CVZ5
#59: タンパク質 KLLA0A10483p


分子量: 17712.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CX80
#61: タンパク質 KLLA0F18040p


分子量: 16858.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJK0
#63: タンパク質 KLLA0F07843p


分子量: 13969.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKV4
#65: タンパク質 KLLA0B01474p


分子量: 14728.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWU3
#66: タンパク質 KLLA0B01562p


分子量: 16953.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWT9
#67: タンパク質 KLLA0A07194p


分子量: 15747.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXM0
#68: タンパク質 KLLA0F25542p


分子量: 12032.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CIM1
#71: タンパク質 RPS23 / 40S ribosomal protein S23


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875M3
#73: タンパク質 KLLA0B06182p


分子量: 7939.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW78
#74: タンパク質 KLLA0D05115p


分子量: 11454.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CS01
#78: タンパク質 KLLA0C04809p


分子量: 6329.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUH5
#79: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 7958.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P69061
#80: タンパク質 KLLA0E12277p


分子量: 35612.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNI7
#83: タンパク質 Eft2p


分子量: 91592.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae P283 (パン酵母)
遺伝子: Eft2, P283_D20866 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: W7R097

-
60S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 BBLLSSWWXXcciillnnoo

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 /


分子量: 43422.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJR7
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 22441.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875M0
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L20 /


分子量: 20046.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / / Ribosomal protein L30


分子量: 7279.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P38665
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L25 /


分子量: 13700.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P48045
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32


分子量: 10511.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P38664
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 10925.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CR18
#40: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / / L46 / YL40


分子量: 6114.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04650
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / リボソーム / L47 / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX86
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L44 / / 60S ribosomal protein L41


分子量: 11676.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P31027

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 NNjj

#16: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24193.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJL7
#38: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 9679.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUW0

-
40S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 ABEGIMOQVWYbcd

#48: タンパク質 40S ribosomal protein S0 /


分子量: 22882.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CN12
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S1 /


分子量: 24488.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWD0
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 29486.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWJ2
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 25810.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM04
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 22511.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CMG3
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 13124.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLU4
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / RP59


分子量: 13458.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P27069
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S16 /


分子量: 15656.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875N2
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXT6
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S22 /


分子量: 14513.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW21
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15063.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU44
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNL2
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / S33


分子量: 7073.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P33285
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S29 /


分子量: 6322.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPG3

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非ポリマー , 4種, 88分子

#84: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#86: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#87: 化合物 ChemComp-6EM / (2S)-1-amino-N,N,N-trimethyl-1-oxobutan-2-aminium


分子量: 145.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17N2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with the cricket paralysis virus IRES and eEF2RIBOSOME#1-#830MULTIPLE SOURCES
2Kluyveromyces lactis 80S ribosomeRIBOSOME#1-#810NATURAL
3Cricket paralysis virus IRESCOMPLEX#820RECOMBINANT
4eEF2COMPLEX#830RECOMBINANT
分子量値: 4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Kluyveromyces lactis (酵母)28985
23Cricket paralysis virus (ウイルス)12136
34Saccharomyces cerevisiae P283 (パン酵母)1177187
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: MES-KOH
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Cootモデルフィッティング
13REFMAC5.8モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37844 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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