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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41370 | |||||||||
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タイトル | Structure of a class A GPCR/Fab complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR Fab / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / coreceptor activity / cell chemotaxis / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / calcium-mediated signaling / 走化性 ...chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / coreceptor activity / cell chemotaxis / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / calcium-mediated signaling / 走化性 / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / 細胞接着 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun D / Johnson M / Masureel M | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of antibody inhibition and chemokine activation of the human CC chemokine receptor 8. 著者: Dawei Sun / Yonglian Sun / Eric Janezic / Tricia Zhou / Matthew Johnson / Caleigh Azumaya / Sigrid Noreng / Cecilia Chiu / Akiko Seki / Teresita L Arenzana / John M Nicoludis / Yongchang Shi ...著者: Dawei Sun / Yonglian Sun / Eric Janezic / Tricia Zhou / Matthew Johnson / Caleigh Azumaya / Sigrid Noreng / Cecilia Chiu / Akiko Seki / Teresita L Arenzana / John M Nicoludis / Yongchang Shi / Baomei Wang / Hoangdung Ho / Prajakta Joshi / Christine Tam / Jian Payandeh / Laëtitia Comps-Agrar / Jianyong Wang / Sascha Rutz / James T Koerber / Matthieu Masureel / 要旨: The C-C motif chemokine receptor 8 (CCR8) is a class A G-protein coupled receptor that has emerged as a promising therapeutic target in cancer. Targeting CCR8 with an antibody has appeared to be an ...The C-C motif chemokine receptor 8 (CCR8) is a class A G-protein coupled receptor that has emerged as a promising therapeutic target in cancer. Targeting CCR8 with an antibody has appeared to be an attractive therapeutic approach, but the molecular basis for chemokine-mediated activation and antibody-mediated inhibition of CCR8 are not fully elucidated. Here, we obtain an antagonist antibody against human CCR8 and determine structures of CCR8 in complex with either the antibody or the endogenous agonist ligand CCL1. Our studies reveal characteristic antibody features allowing recognition of the CCR8 extracellular loops and CCL1-CCR8 interaction modes that are distinct from other chemokine receptor - ligand pairs. Informed by these structural insights, we demonstrate that CCL1 follows a two-step, two-site binding sequence to CCR8 and that antibody-mediated inhibition of CCL1 signaling can occur by preventing the second binding event. Together, our results provide a detailed structural and mechanistic framework of CCR8 activation and inhibition that expands our molecular understanding of chemokine - receptor interactions and offers insight into the development of therapeutic antibodies targeting chemokine GPCRs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41370.map.gz | 43.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41370-v30.xml emd-41370.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41370_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41370.png | 59.1 KB | ||
マスクデータ | emd_41370_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41370.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_41370_half_map_1.map.gz emd_41370_half_map_2.map.gz | 77.7 MB 77.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41370 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41370 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tlmMC 8u1uC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41370_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41370_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41370_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CCR8_Fab complex
全体 | 名称: CCR8_Fab complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CCR8_Fab complex
超分子 | 名称: CCR8_Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Fab heavy chain
分子 | 名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 23.775549 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QSVEESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLSN YAMIWVRQAP GEGLEWVGTI SLGGYTYYAN WAKGRFTISK TSTTVDLKIS SPTTEDTAT YFCARARWST DSAIYTYAFD PWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: QSVEESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLSN YAMIWVRQAP GEGLEWVGTI SLGGYTYYAN WAKGRFTISK TSTTVDLKIS SPTTEDTAT YFCARARWST DSAIYTYAFD PWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCD |
-分子 #2: Fab light chain
分子 | 名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 23.402865 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AYDMTQTPAS VEVAVGGTVT IKCQASQSIS SYLSWYQQKP GQRPELLIYK ASTLASGVSS RFKGSGSGTQ FTLTISDLEA ADAATYYCQ QGYTSSNIDN IFGGGTEVVV KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列: AYDMTQTPAS VEVAVGGTVT IKCQASQSIS SYLSWYQQKP GQRPELLIYK ASTLASGVSS RFKGSGSGTQ FTLTISDLEA ADAATYYCQ QGYTSSNIDN IFGGGTEVVV KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC |
-分子 #3: C-C chemokine receptor type 8, Green fluorescent protein fusion
分子 | 名称: C-C chemokine receptor type 8, Green fluorescent protein fusion タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ) |
分子量 | 理論値: 76.003508 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSENLY FQSGSMDYTL DLSVTTVTDY YYPDIFSSPC DAELIQTNGK LLLAVFYCLL FVFSLLGNS LVILVLVVCK KLRSITDVYL LNLALSDLLF VFSFPFQTYY LLDQWVFGTV MCKVVSGFYY IGFYSSMFFI T LMSVDRYL ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSENLY FQSGSMDYTL DLSVTTVTDY YYPDIFSSPC DAELIQTNGK LLLAVFYCLL FVFSLLGNS LVILVLVVCK KLRSITDVYL LNLALSDLLF VFSFPFQTYY LLDQWVFGTV MCKVVSGFYY IGFYSSMFFI T LMSVDRYL AVVHAVYALK VRTIRMGTTL CLAVWLTAIM ATIPLLVFYQ VASEDGVLQC YSFYNQQTLK WKIFTNFKMN IL GLLIPFT IFMFCYIKIL HQLKRCQNHN KTKAIRLVLI VVIASLLFWV PFNVVLFLTS LHSMHILDGC SISQQLTYAT HVT EIISFT HCCVNPVIYA FVGEKFKKHL SEIFQKSCSQ IFNYLGRQMP RESCEKSSSC QQHSSRSSSV DYILGNSLEV LFQG PMVSK GEELFTGVVP ILVELDGDVN GHKFSVSGEG EGDATYGKLT LKLICTTGKL PVPWPTLVTT LGYGLQCFAR YPDHM KQHD FFKSAMPEGY VQERTIFFKD DGNYKTRAEV KFEGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHNVYI TADKQK NGI KANFKIRHNI EDGGVQLADH YQQNTPIGDG PVLLPDNHYL SYQSKLSKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITL GMDELYK GS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEK UniProtKB: C-C chemokine receptor type 8, 緑色蛍光タンパク質 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 1.067 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |