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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37382 | |||||||||
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タイトル | structure of TaHKT2;1 in KCl at 2.9 Angstroms resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HKT / ion selectivity / salt tolerance (耐塩性) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | Cation transporter / Cation transport protein / metal ion transport / inorganic cation transmembrane transport / monoatomic cation transmembrane transporter activity / 細胞膜 / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Triticum aestivum (コムギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang JQ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: structure of TaHKT2;1 in KCl at 2.9 Angstroms resolution 著者: Wang JQ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37382.map.gz | 30.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37382-v30.xml emd-37382.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37382.png | 62.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37382.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_37382_half_map_1.map.gz emd_37382_half_map_2.map.gz | 29.4 MB 29.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37382 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37382 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8w9vMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37382_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37382_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : structure of TaHKT2;1 in KCl at 2.9 Angstroms resolution
全体 | 名称: structure of TaHKT2;1 in KCl at 2.9 Angstroms resolution |
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要素 |
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-超分子 #1: structure of TaHKT2;1 in KCl at 2.9 Angstroms resolution
超分子 | 名称: structure of TaHKT2;1 in KCl at 2.9 Angstroms resolution タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: HKT2
分子 | 名称: HKT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Triticum aestivum (コムギ) |
分子量 | 理論値: 60.20059 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MHLFLTLVHS TMDRVKRFYQ DFIHIKLHSF SRISRYVVDS IVFIYRFVAL HVHPFWIQLS YFLAIAILGS VLLISLKPSN PEFSPPYID MLYLSTSALT VSGLSTVKME DLSSSQIVVL TLLMLVGGEI FVSLLGLMLR VNHQDMQDLP SVKISSVPVE L EVLDLANS ...文字列: MHLFLTLVHS TMDRVKRFYQ DFIHIKLHSF SRISRYVVDS IVFIYRFVAL HVHPFWIQLS YFLAIAILGS VLLISLKPSN PEFSPPYID MLYLSTSALT VSGLSTVKME DLSSSQIVVL TLLMLVGGEI FVSLLGLMLR VNHQDMQDLP SVKISSVPVE L EVLDLANS MALCDESQLE DASHAIPPKK CTELKRSRSV KCLGYVVFGY FAVIHVLGFV LVFLYITHVP TASAPLNKKG IN IVLFSLS VTVASCANAG LVPTNENMVI FSKNSGLLLL LSGQMLAGNT LFPLFLRLLV WFLGKLTKVK ELRLMTKNPE EVH FANLLP RLPTVFLSST VIGIVAAGVT LFCSVDWNSS VFDGLGSYQK TVNAFFMVVN ARHSGENSID CSLMSPAIVV LFIG MMYLP SSATFAPPSG DTKTTNENTK GKGKRGSLVQ NLAFSPLGCN IIFVIVACIT ERRRLRSDPL NFSTLNMIFE VISAY GNVG LSTGYSCSRL HQLHPEIICQ DMPYSFSGWW SDGGKFLLVL VMLYGRLKVF AVSTGKSWKV UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73064 |