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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34176 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of hSLC19A1+5-MTHF | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / folate transmembrane transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate import across plasma membrane / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / organic anion transport ...folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / folate transmembrane transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate import across plasma membrane / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / organic anion transport / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / xenobiotic transmembrane transport / organic anion transmembrane transporter activity / Metabolism of folate and pterines / antiporter activity / folic acid binding / folic acid metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / female pregnancy / brush border membrane / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang QX / Zhang XY / Zhu YL / Sun PP / Gao A / Zhang LG / Gao P | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Recognition of cyclic dinucleotides and folates by human SLC19A1. 著者: Qixiang Zhang / Xuyuan Zhang / Yalan Zhu / Panpan Sun / Liwei Zhang / Junxiao Ma / Yong Zhang / Lingan Zeng / Xiaohua Nie / Yina Gao / Zhaolong Li / Songqing Liu / Jizhong Lou / Ang Gao / Liguo Zhang / Pu Gao / 要旨: Cyclic dinucleotides (CDNs) are ubiquitous signalling molecules in all domains of life. Mammalian cells produce one CDN, 2'3'-cGAMP, through cyclic GMP-AMP synthase after detecting cytosolic DNA ...Cyclic dinucleotides (CDNs) are ubiquitous signalling molecules in all domains of life. Mammalian cells produce one CDN, 2'3'-cGAMP, through cyclic GMP-AMP synthase after detecting cytosolic DNA signals. 2'3'-cGAMP, as well as bacterial and synthetic CDN analogues, can act as second messengers to activate stimulator of interferon genes (STING) and elicit broad downstream responses. Extracellular CDNs must traverse the cell membrane to activate STING, a process that is dependent on the solute carrier SLC19A1. Moreover, SLC19A1 represents the major transporter for folate nutrients and antifolate therapeutics, thereby placing SLC19A1 as a key factor in multiple physiological and pathological processes. How SLC19A1 recognizes and transports CDNs, folate and antifolate is unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of human SLC19A1 (hSLC19A1) in a substrate-free state and in complexes with multiple CDNs from different sources, a predominant natural folate and a new-generation antifolate drug. The structural and mutagenesis results demonstrate that hSLC19A1 uses unique yet divergent mechanisms to recognize CDN- and folate-type substrates. Two CDN molecules bind within the hSLC19A1 cavity as a compact dual-molecule unit, whereas folate and antifolate bind as a monomer and occupy a distinct pocket of the cavity. Moreover, the structures enable accurate mapping and potential mechanistic interpretation of hSLC19A1 with loss-of-activity and disease-related mutations. Our research provides a framework for understanding the mechanism of SLC19-family transporters and is a foundation for the development of potential therapeutics. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34176.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34176-v30.xml emd-34176.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34176.png | 36.2 KB | ||
その他 | emd_34176_half_map_1.map.gz emd_34176_half_map_2.map.gz | 98.5 MB 98.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34176 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34176 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34176_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34176_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SLC19A1+5-MTHF
全体 | 名称: SLC19A1+5-MTHF |
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要素 |
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-超分子 #1: SLC19A1+5-MTHF
超分子 | 名称: SLC19A1+5-MTHF / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Reduced folate transporter
分子 | 名称: Reduced folate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.556082 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSMVPSSPA VEKQVPVEPG PDPELRSWRH LVCYLCFYGF MAQIRPGESF ITPYLLGPDK NFTREQVTNE ITPVLSYSYL AVLVPVFLL TDYLRYTPVL LLQGLSFVSV WLLLLLGHSV AHMQLMELFY SVTMAARIAY SSYIFSLVRP ARYQRVAGYS R AAVLLGVF ...文字列: MGSMVPSSPA VEKQVPVEPG PDPELRSWRH LVCYLCFYGF MAQIRPGESF ITPYLLGPDK NFTREQVTNE ITPVLSYSYL AVLVPVFLL TDYLRYTPVL LLQGLSFVSV WLLLLLGHSV AHMQLMELFY SVTMAARIAY SSYIFSLVRP ARYQRVAGYS R AAVLLGVF TSSVLGQLLV TVGRVSFSTL NYISLAFLTF SVVLALFLKR PKRSLFFNRD DRGRCETSAS ELERMNPGPG GK LGHALRV ACGDSVLARM LRELGDSLRR PQLRLWSLWW VFNSAGYYLV VYYVHILWNE VDPTTNSARV YNGAADAAST LLG AITSFA AGFVKIRWAR WSKLLIAGVT ATQAGLVFLL AHTRHPSSIW LCYAAFVLFR GSYQFLVPIA TFQIASSLSK ELCA LVFGV NTFFATIVKT IITFIVSDVR GLGLPVRKQF QLYSVYFLIL SIIYFLGAML DGLRHCQRGH HPRQPPAQGL RSAAE EKAA QALSVQDKGL GGLQPAQSPP LSPEDKLGSE NLYLEVLFQG PFQGGSGGSG HHHHHHHHHH |
-分子 #2: N-[4-({[(6S)-2-AMINO-4-HYDROXY-5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROPTERIDI...
分子 | 名称: N-[4-({[(6S)-2-AMINO-4-HYDROXY-5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROPTERIDIN-6-YL]METHYL}AMINO)BENZOYL]-L-GLUTAMIC ACID タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: THH |
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分子量 | 理論値: 459.456 Da |
Chemical component information | ChemComp-THH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182748 |