+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29813 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | mtHsp60 V72I apo | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | chaperonin / ATPase (ATPアーゼ) / foldase / CHAPERONE (シャペロン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / mitochondrial unfolded protein response / lipopolysaccharide receptor complex / apolipoprotein A-I binding / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / protein import into mitochondrial intermembrane space / migrasome / high-density lipoprotein particle binding / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell ...coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / mitochondrial unfolded protein response / lipopolysaccharide receptor complex / apolipoprotein A-I binding / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / protein import into mitochondrial intermembrane space / migrasome / high-density lipoprotein particle binding / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / chaperonin ATPase / Mitochondrial protein import / positive regulation of macrophage activation / cellular response to interleukin-7 / biological process involved in interaction with symbiont / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 'de novo' protein folding / sperm plasma membrane / B cell activation / B cell proliferation / DNA replication origin binding / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of interferon-alpha production / apolipoprotein binding / positive regulation of interleukin-10 production / protein maturation / response to unfolded protein / chaperone-mediated protein complex assembly / クラスリン / isomerase activity / sperm midpiece / response to cold / positive regulation of interleukin-12 production / T細胞 / 分泌 / lipopolysaccharide binding / ATP-dependent protein folding chaperone / positive regulation of interleukin-6 production / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / double-stranded RNA binding / positive regulation of T cell activation / unfolded protein binding / positive regulation of type II interferon production / p53 binding / フォールディング / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / ミトコンドリア内膜 / protein stabilization / エンドソーム / ミトコンドリアマトリックス / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Braxton JR / Shao H / Tse E / Gestwicki JE / Southworth DR | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Asymmetric apical domain states of mitochondrial Hsp60 coordinate substrate engagement and chaperonin assembly. 著者: Julian R Braxton / Hao Shao / Eric Tse / Jason E Gestwicki / Daniel R Southworth / 要旨: The mitochondrial chaperonin, mtHsp60, promotes the folding of newly imported and transiently misfolded proteins in the mitochondrial matrix, assisted by its co-chaperone mtHsp10. Despite its ...The mitochondrial chaperonin, mtHsp60, promotes the folding of newly imported and transiently misfolded proteins in the mitochondrial matrix, assisted by its co-chaperone mtHsp10. Despite its essential role in mitochondrial proteostasis, structural insights into how this chaperonin binds to clients and progresses through its ATP-dependent reaction cycle are not clear. Here, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of a hyperstable disease-associated mtHsp60 mutant, V72I, at three stages in this cycle. Unexpectedly, client density is identified in all states, revealing interactions with mtHsp60's apical domains and C-termini that coordinate client positioning in the folding chamber. We further identify a striking asymmetric arrangement of the apical domains in the ATP state, in which an alternating up/down configuration positions interaction surfaces for simultaneous recruitment of mtHsp10 and client retention. Client is then fully encapsulated in mtHsp60/mtHsp10, revealing prominent contacts at two discrete sites that potentially support maturation. These results identify a new role for the apical domains in coordinating client capture and progression through the cycle, and suggest a conserved mechanism of group I chaperonin function. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29813.map.gz | 156.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-29813-v30.xml emd-29813.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29813_fsc.xml emd_29813_fsc_2.xml | 11.7 KB 11.8 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29813.png | 174.3 KB | ||
その他 | emd_29813_additional_1.map.gz emd_29813_half_map_1.map.gz emd_29813_half_map_2.map.gz | 80.8 MB 154 MB 154 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29813 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29813 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.927 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_29813_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29813_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29813_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Apo Hsp60
全体 | 名称: Apo Hsp60 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Apo Hsp60
超分子 | 名称: Apo Hsp60 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial
分子 | 名称: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chaperonin ATPase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 58.321 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAAKDVKFG ADARALMLQG VDLLADAVAV TMGPKGRTVI IEQSWGSPKV TKDGVTVAKS IDLKDKYKNI GAKLIQDVAN NTNEEAGDG TTTATVLARS IAKEGFEKIS KGANPVEIRR GVMLAVDAVI AELKKQSKPV TTPEEIAQVA TISANGDKEI G NIISDAMK ...文字列: SNAAKDVKFG ADARALMLQG VDLLADAVAV TMGPKGRTVI IEQSWGSPKV TKDGVTVAKS IDLKDKYKNI GAKLIQDVAN NTNEEAGDG TTTATVLARS IAKEGFEKIS KGANPVEIRR GVMLAVDAVI AELKKQSKPV TTPEEIAQVA TISANGDKEI G NIISDAMK KVGRKGVITV KDGKTLNDEL EIIEGMKFDR GYISPYFINT SKGQKCEFQD AYVLLSEKKI SSIQSIVPAL EI ANAHRKP LVIIAEDVDG EALSTLVLNR LKVGLQVVAV KAPGFGDNRK NQLKDMAIAT GGAVFGEEGL TLNLEDVQPH DLG KVGEVI VTKDDAMLLK GKGDKAQIEK RIQEIIEQLD VTTSEYEKEK LNERLAKLSD GVAVLKVGGT SDVEVNEKKD RVTD ALNAT RAAVEEGIVL GGGCALLRCI PALDSLTPAN EDQKIGIEII KRTLKIPAMT IAKNAGVEGS LIVEKIMQSS SEVGY DAMA GDFVNMVEKG IIDPTKVVRT ALLDAAGVAS LLTTAEVVVT EIPKEEKDPG MGAMGGMGGG MGGGMF UniProtKB: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.4 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa / 詳細: Pelco easiGlow, 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 53937 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20223 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-8g7j: |