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万見
- EMDB-18156: Combined map of Candida albicans 80S ribosome in complex with cep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18156
タイトルCombined map of Candida albicans 80S ribosome in complex with cephaeline
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline
キーワードRibosome (リボソーム) / Candida albicans / cephaeline
機能・相同性
機能・相同性情報


yeast-form cell wall / hyphal cell wall / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / protein-RNA complex assembly / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit assembly ...yeast-form cell wall / hyphal cell wall / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / protein-RNA complex assembly / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / 細胞膜 / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site ...Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal L27e protein family / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L37ae / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L14e domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL43 ...Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / 60S ribosomal protein L42-B / Ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S17-B / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L7-A / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L33-A / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S10-A / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein S5 / 60S ribosomal protein L20 / 40S ribosomal protein S28-B / 60S ribosomal protein L8 / 40S ribosomal protein S1 / 40S ribosomal protein S0 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L9-B / 60S ribosomal protein L23-A / 60S ribosomal protein L24-A / 60S ribosomal protein L18-A / 40S ribosomal protein S19-A / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S22-A / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S23 (S12) / 40S ribosomal protein S14-A / 60S ribosomal protein L34-B / 60S ribosomal protein L21-A / 60S ribosomal protein L31-B / 60S ribosomal protein L11-B / Ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L2-B / 60S ribosomal protein L14-B / Ribosomal protein L24 / 40S ribosomal protein S18-B / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L4-B / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein eL41 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS21
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kolosova O / Zgadzay Y / Stetsenko A / Atamas A / Jenner L / Guskov A / Yusupov M
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)FDT202204014886 フランス
引用ジャーナル: Biopolym Cell / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of cephaeline binding to the eukaryotic ribosome using Cryo-Electron Microscopy
著者: Kolosova O / Zgadzay Y / Stetsenko A / Atamas A / Wu C / Jenner L / Sachs SM / Guskov A / Yusupov M
履歴
登録2023年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18156.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.274
最小 - 最大-0.3313288 - 1.8154389
平均 (標準偏差)0.022664363 (±0.061817437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 426.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline

全体名称: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline
要素
  • 複合体: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline

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超分子 #1: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline

超分子名称: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7pzy

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 254047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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