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- EMDB-16805: Cryo-EM structure of PcrV/Fab(30-B8) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16805
タイトルCryo-EM structure of PcrV/Fab(30-B8)
マップデータ
試料
  • 複合体: PcrV-Fab(30-B8)
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: light chain
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Type III secretion protein PcrVType three secretion system
キーワードantibody T3SS Tip protein / ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport ...type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / extracellular space / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Low calcium response V antigen / Virulence-associated V antigen superfamily / V antigen (LcrV) protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III secretion protein PcrV / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Yuan B / Simonis A / Marlovits TC
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Discovery of highly neutralizing human antibodies targeting Pseudomonas aeruginosa.
著者: Alexander Simonis / Christoph Kreer / Alexandra Albus / Katharina Rox / Biao Yuan / Dmitriy Holzmann / Joana A Wilms / Sylvia Zuber / Lisa Kottege / Sandra Winter / Meike Meyer / Kristin ...著者: Alexander Simonis / Christoph Kreer / Alexandra Albus / Katharina Rox / Biao Yuan / Dmitriy Holzmann / Joana A Wilms / Sylvia Zuber / Lisa Kottege / Sandra Winter / Meike Meyer / Kristin Schmitt / Henning Gruell / Sebastian J Theobald / Anna-Maria Hellmann / Christina Meyer / Meryem Seda Ercanoglu / Nina Cramer / Antje Munder / Michael Hallek / Gerd Fätkenheuer / Manuel Koch / Harald Seifert / Ernst Rietschel / Thomas C Marlovits / Silke van Koningsbruggen-Rietschel / Florian Klein / Jan Rybniker /
要旨: Drug-resistant Pseudomonas aeruginosa (PA) poses an emerging threat to human health with urgent need for alternative therapeutic approaches. Here, we deciphered the B cell and antibody response to ...Drug-resistant Pseudomonas aeruginosa (PA) poses an emerging threat to human health with urgent need for alternative therapeutic approaches. Here, we deciphered the B cell and antibody response to the virulence-associated type III secretion system (T3SS) in a cohort of patients chronically infected with PA. Single-cell analytics revealed a diverse B cell receptor repertoire directed against the T3SS needle-tip protein PcrV, enabling the production of monoclonal antibodies (mAbs) abrogating T3SS-mediated cytotoxicity. Mechanistic studies involving cryoelectron microscopy identified a surface-exposed C-terminal PcrV epitope as the target of highly neutralizing mAbs with broad activity against drug-resistant PA isolates. These anti-PcrV mAbs were as effective as treatment with conventional antibiotics in vivo. Our study reveals that chronically infected patients represent a source of neutralizing antibodies, which can be exploited as therapeutics against PA.
履歴
登録2023年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16805.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00548
最小 - 最大-0.049749963 - 0.062205657
平均 (標準偏差)0.0001341066 (±0.0018564757)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 142.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16805_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16805_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16805_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PcrV-Fab(30-B8)

全体名称: PcrV-Fab(30-B8)
要素
  • 複合体: PcrV-Fab(30-B8)
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: light chain
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Type III secretion protein PcrVType three secretion system

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超分子 #1: PcrV-Fab(30-B8)

超分子名称: PcrV-Fab(30-B8) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Heavy chain

分子名称: Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.673465 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EGQLLESGGG LAQPGGSLRL SCTASGFTFS KNAMNWVRQA PGKRLEWVAG IIGNGSDTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVS LQMNSLRAE DSAIYYCAKD RHPWRWLQLF DSWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
EGQLLESGGG LAQPGGSLRL SCTASGFTFS KNAMNWVRQA PGKRLEWVAG IIGNGSDTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVS LQMNSLRAE DSAIYYCAKD RHPWRWLQLF DSWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEP

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分子 #2: light chain

分子名称: light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.719266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPST VSASLGDRVT ITCRASQDIG SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASNVESGVPS RFSGSESGTE FTLTISSLQP DDVATYFCQ YYNSYSHATV TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
DIQLTQSPST VSASLGDRVT ITCRASQDIG SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASNVESGVPS RFSGSESGTE FTLTISSLQP DDVATYFCQ YYNSYSHATV TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #3: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Type III secreti...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Type III secretion protein PcrV
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 75.538055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KSGLVPRGSA SKTEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPAAAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN K DLLPNPPK ...文字列:
MGSWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KSGLVPRGSA SKTEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPAAAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN K DLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT WPLIAADGGY AFKYAAGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LI KNKHMNA DTDYSIAEHA FNHGETAMTI NGPWAWSNID TSKVNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEF LENYLL TDEGLEAVNK DKPLGAVALK SYEEELVKDP RVAATMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDE VRNLN AARELFLDEL LAAPAAPASA EQEELLALLR SERIVLAHAG QPLSEAQVLK ALAWLLAANP SAPPGQGLEV LREVL QARR QPGAQWDLRE FLVSAYFSLH GRLDEDVIGV YKDVLQTQDG KRKALLDELK ALTAELKVYS VIQSQINAAL SAKQGI RID AGGIDLVDPT LYGYAVGDPR WKDSPEYALL SNLDTFSGKL SIKDFLSGSP KQSGELKGLK DEYPFEKDNN PVGNFAT TV SDRSRPLNDK VNEKTTLLND TSSRYNSAVE ALNRFIQKYD SVLRDILSAI

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Type III secretion protein PcrV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1xPBS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 292189
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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