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- PDB-8wa2: cryo-EM structure of native mastigonemes isolated from Chlamydomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wa2
タイトルcryo-EM structure of native mastigonemes isolated from Chlamydomonas reinhardtii at 3.0 angstrom resolution
要素
  • Mst1
  • Mstax
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Cilia (繊毛) / arabinoglycan / PKD2 / PPII helix / mechanosensation.
機能・相同性Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Putative ephrin-receptor like / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / alpha-L-arabinofuranose / alpha-D-galactopyranose / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Huang, J. / Tao, H. / Chen, J. / Pan, J. / Yan, C. / Yan, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2020YFA0509301 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structure-guided discovery of protein and glycan components in native mastigonemes.
著者: Junhao Huang / Hui Tao / Jikun Chen / Yang Shen / Jianlin Lei / Junmin Pan / Chuangye Yan / Nieng Yan /
要旨: Mastigonemes, the hair-like lateral appendages lining cilia or flagella, participate in mechanosensation and cellular motion, but their constituents and structure have remained unclear. Here, we ...Mastigonemes, the hair-like lateral appendages lining cilia or flagella, participate in mechanosensation and cellular motion, but their constituents and structure have remained unclear. Here, we report the cryo-EM structure of native mastigonemes isolated from Chlamydomonas at 3.0 Å resolution. The long stem assembles as a super spiral, with each helical turn comprising four pairs of anti-parallel mastigoneme-like protein 1 (Mst1). A large array of arabinoglycans, which represents a common class of glycosylation in plants and algae, is resolved surrounding the type II poly-hydroxyproline (Hyp) helix in Mst1. The EM map unveils a mastigoneme axial protein (Mstax) that is rich in heavily glycosylated Hyp and contains a PKD2-like transmembrane domain (TMD). Mstax, with nearly 8,000 residues spanning from the intracellular region to the distal end of the mastigoneme, provides the framework for Mst1 assembly. Our study provides insights into the complexity of protein and glycan interactions in native bio-architectures.
履歴
登録2023年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mst1
B: Mst1
C: Mst1
D: Mst1
E: Mst1
F: Mst1
G: Mstax
H: Mstax
I: Mstax
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,463,403459
ポリマ－1,256,6169
非ポリマー206,787450
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質
Mst1 /


分子量: 206316.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J9H7
#2: タンパク質 Mstax


分子量: 6239.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Our Mstax sequence in the structure (chain G, H and I) represents the average sequence resulting from the statistical analysis of a segment of 34 repeated sequences in Mstax.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
糖 , 25種, 444分子

#3: 多糖...
beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a211h-1b_1-4]/1-1-1/a2-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖...
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-3LArafb1-2LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a211h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2/a2-b1_b2-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Xylf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 678.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-3LArafb1-2LArafb1-2[LArafa1-5]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a211h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2-2/a2-b1_a5-e1_b2-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}}[(5+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖...
beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 444.386 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4]/1-1-2/a2-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Altf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖
beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L- ...beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb1-2[LArafa1-3]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a211h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2/a2-b1_a3-d1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}[(3+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 678.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-2LArafa1-3LArafb1-2LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a211h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2-2/a2-b1_b2-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖
beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a211h-1b_1-4]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 678.589 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-3LArafb1-2LArafb1-2[LArafa1-3]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a211h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2-2/a2-b1_a3-e1_b2-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}}[(3+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-3[LArafa1-5]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a211h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-2-2/a3-b1_a5-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}[(5+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 708.615 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-3DGalfb1-2LArafb1-2[LArafa1-3]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3-3/a2-b1_a3-e1_b2-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Altf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}}[(3+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#13: 多糖...
alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 576.500 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-3DGalfb1-2LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3/a2-b1_b2-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Altf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#14: 多糖
beta-L-arabinofuranose-(1-5)-beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 576.500 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafb1-5DGalfb1-2LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4]/1-1-2-1/a2-b1_b2-c1_c5-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Altf]{[(5+1)][b-L-Araf]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#15: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 708.615 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LArafa1-2LArafa1-3DGalfb1-2LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3-3/a2-b1_b2-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{[(3+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#16: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#17: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#18: 多糖
beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L- ...beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 708.615 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2[LArafa1-5]LArafb1-2[LArafa1-3]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3-3/a2-b1_a3-e1_b2-c1_b5-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{}[(5+1)][b-L-Araf]{}}[(3+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#19: 多糖
beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L- ...beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 576.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2LArafb1-2[LArafa1-3]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3/a2-b1_a3-d1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{}}[(3+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#20: 多糖
beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L- ...beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 576.500 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2[LArafa1-5]LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3/a2-b1_b2-c1_b5-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{}[(5+1)][a-L-Araf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#21: 多糖 beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)][alpha-L- ...beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)][alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 708.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2LArafb1-2[LArafa1-3][LArafa1-5]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3-3/a2-b1_a3-d1_a5-e1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{}}[(3+1)][b-L-Araf]{}[(5+1)][a-L-Lyxf]{}}LINUCSPDB-CARE
#22: 多糖
beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L- ...beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 840.730 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2[LArafa1-5]LArafb1-2[LArafa1-2LArafa1-3]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3-3-3/a2-b1_a3-e1_b2-c1_b5-d1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{}[(5+1)][a-L-Araf]{}}[(3+1)][a-L-Araf]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#23: 多糖 beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L- ...beta-D-galactofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-3)][alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 840.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2[LArafa1-5]LArafb1-2[LArafa1-3][LArafa1-5]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3-3-3/a2-b1_a3-e1_a5-f1_b2-c1_b5-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{}[(5+1)][b-L-Araf]{}}[(3+1)][b-L-Araf]{}[(5+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#24: 多糖 beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L- ...beta-D-galactofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-2)-alpha-L-arabinofuranose-(1-3)][alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 840.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalfb1-2LArafb1-2[LArafa1-2LArafa1-3][LArafa1-5]LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a211h-1b_1-4][a2112h-1b_1-4][a211h-1a_1-4]/1-1-2-3-3-3/a2-b1_a3-d1_a5-f1_b2-c1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-D-Galf]{}}[(3+1)][b-L-Araf]{[(2+1)][a-L-Araf]{}}[(5+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#26: 糖
ChemComp-AHR / alpha-L-arabinofuranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / α-L-アラビノフラノ-ス / アラビノース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LArafaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#27: 糖...
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス / ガラクトース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#28: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 6分子

#25: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mastigoneme / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69065 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004102182
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.955140250
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.73120699
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06219813
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00615184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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