[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルPlatform-directed allostery and quaternary structure dynamics of SAMHD1 catalysis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 3775, Year 2024
掲載日2024年5月6日
著者Oliver J Acton / Devon Sheppard / Simone Kunzelmann / Sarah J Caswell / Andrea Nans / Ailidh J O Burgess / Geoff Kelly / Elizabeth R Morris / Peter B Rosenthal / Ian A Taylor /
PubMed 要旨SAMHD1 regulates cellular nucleotide homeostasis, controlling dNTP levels by catalysing their hydrolysis into 2'-deoxynucleosides and triphosphate. In differentiated CD4+ macrophage and resting T- ...SAMHD1 regulates cellular nucleotide homeostasis, controlling dNTP levels by catalysing their hydrolysis into 2'-deoxynucleosides and triphosphate. In differentiated CD4+ macrophage and resting T-cells SAMHD1 activity results in the inhibition of HIV-1 infection through a dNTP blockade. In cancer, SAMHD1 desensitizes cells to nucleoside-analogue chemotherapies. Here we employ time-resolved cryogenic-EM imaging and single-particle analysis to visualise assembly, allostery and catalysis by this multi-subunit enzyme. Our observations reveal how dynamic conformational changes in the SAMHD1 quaternary structure drive the catalytic cycle. We capture five states at high-resolution in a live catalytic reaction, revealing how allosteric activators support assembly of a stable SAMHD1 tetrameric core and how catalysis is driven by the opening and closing of active sites through pairwise coupling of active sites and order-disorder transitions in regulatory domains. This direct visualisation of enzyme catalysis dynamics within an allostery-stabilised platform sets a precedent for mechanistic studies into the regulation of multi-subunit enzymes.
リンクNat Commun / PubMed:38710701 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.65 - 3.43 Å
構造データ

18729

8qxj

EMDB-18729, PDB-8qxj:
Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 with dApNHpp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

18730

8qxk

EMDB-18730, PDB-8qxk:
Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State I - Tense
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

18731

8qxl

EMDB-18731, PDB-8qxl:
Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State II - Hemi-relaxed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

18732

8qxm

EMDB-18732, PDB-8qxm:
Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State III - Relaxed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

18733

8qxn

EMDB-18733, PDB-8qxn:
Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State IV - Depleted relaxed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

18734

8qxo

EMDB-18734, PDB-8qxo:
Cryo-EM structure of tetrameric human SAMHD1 State V - Depleted relaxed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

化合物

ChemComp-DZ4:
2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-DCP:
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP / デオキシシチジン三リン酸

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP / デオキシアデノシン三リン酸

ChemComp-DCZ:
2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシシチジン / デオキシシチジン

ChemComp-3PO:
TRIPHOSPHATE / 三りん酸 / Polyphosphate

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / TRIPHOSPHOHYDROLASE / METALLO-ENZYME / BINUCLEAR / HD

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る