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Structure paper

タイトルStructural basis of antibody inhibition and chemokine activation of the human CC chemokine receptor 8.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 7940, Year 2023
掲載日2023年12月1日
著者Dawei Sun / Yonglian Sun / Eric Janezic / Tricia Zhou / Matthew Johnson / Caleigh Azumaya / Sigrid Noreng / Cecilia Chiu / Akiko Seki / Teresita L Arenzana / John M Nicoludis / Yongchang Shi / Baomei Wang / Hoangdung Ho / Prajakta Joshi / Christine Tam / Jian Payandeh / Laëtitia Comps-Agrar / Jianyong Wang / Sascha Rutz / James T Koerber / Matthieu Masureel /
PubMed 要旨The C-C motif chemokine receptor 8 (CCR8) is a class A G-protein coupled receptor that has emerged as a promising therapeutic target in cancer. Targeting CCR8 with an antibody has appeared to be an ...The C-C motif chemokine receptor 8 (CCR8) is a class A G-protein coupled receptor that has emerged as a promising therapeutic target in cancer. Targeting CCR8 with an antibody has appeared to be an attractive therapeutic approach, but the molecular basis for chemokine-mediated activation and antibody-mediated inhibition of CCR8 are not fully elucidated. Here, we obtain an antagonist antibody against human CCR8 and determine structures of CCR8 in complex with either the antibody or the endogenous agonist ligand CCL1. Our studies reveal characteristic antibody features allowing recognition of the CCR8 extracellular loops and CCL1-CCR8 interaction modes that are distinct from other chemokine receptor - ligand pairs. Informed by these structural insights, we demonstrate that CCL1 follows a two-step, two-site binding sequence to CCR8 and that antibody-mediated inhibition of CCL1 signaling can occur by preventing the second binding event. Together, our results provide a detailed structural and mechanistic framework of CCR8 activation and inhibition that expands our molecular understanding of chemokine - receptor interactions and offers insight into the development of therapeutic antibodies targeting chemokine GPCRs.
リンクNat Commun / PubMed:38040762 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.76 - 3.1 Å
構造データ

41370

8tlm

EMDB-41370, PDB-8tlm:
Structure of a class A GPCR/Fab complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-41827: Structure of a class A GPCR/agonist complex (focused map2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-41828: Structure of a class A GPCR/agonist complex (focused map1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

41829

8u1u

EMDB-41829, PDB-8u1u:
Structure of a class A GPCR/agonist complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-41850: Structure of a class A GPCR/agonist complex (Consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
  • human adenovirus c serotype 2 (ヒトアデノウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / GPCR Fab / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / agonist (アゴニスト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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