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タイトルArchitecture of the baculovirus nucleocapsid revealed by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 7481, Year 2023
掲載日2023年11月18日
著者Xudong Jia / Yuanzhu Gao / Yuxuan Huang / Linjun Sun / Siduo Li / Hongmei Li / Xueqing Zhang / Yinyin Li / Jian He / Wenbi Wu / Harikanth Venkannagari / Kai Yang / Matthew L Baker / Qinfen Zhang /
PubMed 要旨Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known ...Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known about the structure of most baculovirus proteins. Here, we show a 3.2 Å resolution structure of helical cylindrical body of the AcMNPV nucleocapsid, composed of VP39, as well as 4.3 Å resolution structures of both the head and the base of the nucleocapsid composed of over 100 protein subunits. AcMNPV VP39 demonstrates some features of the HK97-like fold and utilizes disulfide-bonds and a set of interactions at its C-termini to mediate nucleocapsid assembly and stability. At both ends of the nucleocapsid, the VP39 cylinder is constricted by an outer shell ring composed of proteins AC104, AC142 and AC109. AC101(BV/ODV-C42) and AC144(ODV-EC27) form a C14 symmetric inner layer at both capsid head and base. In the base, these proteins interact with a 7-fold symmetric capsid plug, while a portal-like structure is seen in the central portion of head. Additionally, we propose an application of AlphaFold2 for model building in intermediate resolution density.
リンクNat Commun / PubMed:37980340 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度3.21 - 7.41 Å
構造データ

EMDB-35242: The helical cylinder of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) nucleocapsid
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-35243: The apical part of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.41 Å

EMDB-35244: The basal body of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.82 Å

35245

8i8a

EMDB-35245, PDB-8i8a:
Cryo-EM structure of the major capsid protein VP39 of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

35246

8i8b

EMDB-35246, PDB-8i8b:
Outer shell and inner layer structures of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

35247

8i8c

EMDB-35247, PDB-8i8c:
Plug structure of the Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.93 Å

由来
  • autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / virus (ウイルス) / capsid protein (カプシド)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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