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タイトルMembrane translocation process revealed by in situ structures of type II secretion system secretins.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4025, Year 2023
掲載日2023年7月7日
著者Zhili Yu / Yaoming Wu / Muyuan Chen / Tong Huo / Wei Zheng / Steven J Ludtke / Xiaodong Shi / Zhao Wang /
PubMed 要旨The GspD secretin is the outer membrane channel of the bacterial type II secretion system (T2SS) which secrets diverse toxins that cause severe diseases such as diarrhea and cholera. GspD needs to ...The GspD secretin is the outer membrane channel of the bacterial type II secretion system (T2SS) which secrets diverse toxins that cause severe diseases such as diarrhea and cholera. GspD needs to translocate from the inner to the outer membrane to exert its function, and this process is an essential step for T2SS to assemble. Here, we investigate two types of secretins discovered so far in Escherichia coli, GspD, and GspD. By electron cryotomography subtomogram averaging, we determine in situ structures of key intermediate states of GspD and GspD in the translocation process, with resolution ranging from 9 Å to 19 Å. In our results, GspD and GspD present entirely different membrane interaction patterns and ways of transitioning the peptidoglycan layer. From this, we hypothesize two distinct models for the membrane translocation of GspD and GspD, providing a comprehensive perspective on the inner to outer membrane biogenesis of T2SS secretins.
リンクNat Commun / PubMed:37419909 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度9.0 - 19.0 Å
構造データ

EMDB-29696: In situ structure of GspD-beta-GspS complex on the bacterial outer membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-29697: In situ structure of GspD-beta-GspS complex on the bacterial outer membrane when GspD-beta is overexpressed solely
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-29698: In situ structure of GspD-beta on the bacterial inner membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-29702: In situ structure of GspD-alpha on the bacterial inner membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-29703: In situ structure of GspD-alpha on the bacterial outer membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.0 Å

由来
  • Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
  • Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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