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万見
- EMDB-29698: In situ structure of GspD-beta on the bacterial inner membrane -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29698
タイトルIn situ structure of GspD-beta on the bacterial inner membrane
マップデータ
試料
  • 複合体: The GspD-beta secretin
キーワードchannel / bacterial membrane envelope / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
生物種Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Yu Z / Chen M / Ludtke SJ / Wang Z
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143380 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL162842 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP190602 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Membrane translocation process revealed by in situ structures of type II secretion system secretins.
著者: Zhili Yu / Yaoming Wu / Muyuan Chen / Tong Huo / Wei Zheng / Steven J Ludtke / Xiaodong Shi / Zhao Wang /
要旨: The GspD secretin is the outer membrane channel of the bacterial type II secretion system (T2SS) which secrets diverse toxins that cause severe diseases such as diarrhea and cholera. GspD needs to ...The GspD secretin is the outer membrane channel of the bacterial type II secretion system (T2SS) which secrets diverse toxins that cause severe diseases such as diarrhea and cholera. GspD needs to translocate from the inner to the outer membrane to exert its function, and this process is an essential step for T2SS to assemble. Here, we investigate two types of secretins discovered so far in Escherichia coli, GspD, and GspD. By electron cryotomography subtomogram averaging, we determine in situ structures of key intermediate states of GspD and GspD in the translocation process, with resolution ranging from 9 Å to 19 Å. In our results, GspD and GspD present entirely different membrane interaction patterns and ways of transitioning the peptidoglycan layer. From this, we hypothesize two distinct models for the membrane translocation of GspD and GspD, providing a comprehensive perspective on the inner to outer membrane biogenesis of T2SS secretins.
履歴
登録2023年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29698.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.52 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-36.926113000000001 - 38.617054000000003
平均 (標準偏差)0.06705538 (±0.9947998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 389.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29698_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29698_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The GspD-beta secretin

全体名称: The GspD-beta secretin
要素
  • 複合体: The GspD-beta secretin

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超分子 #1: The GspD-beta secretin

超分子名称: The GspD-beta secretin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: The secretin of bacterial type II secretion system
由来(天然)生物種: Escherichia coli ETEC H10407 (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 5.0 e/Å2

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画像解析

抽出トモグラム数: 24 / 使用した粒子像数: 370
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 370
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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