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タイトルCryo-EM reveals conformational flexibility in apo DNA polymerase ζ.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 297, Issue 2, Page 100912, Year 2021
掲載日2021年6月24日
著者Chloe Du Truong / Theodore A Craig / Gaofeng Cui / Maria Victoria Botuyan / Rachel A Serkasevich / Ka-Yi Chan / Georges Mer / Po-Lin Chiu / Rajiv Kumar /
PubMed 要旨The translesion synthesis (TLS) DNA polymerases Rev1 and Polζ function together in DNA lesion bypass during DNA replication, acting as nucleotide inserter and extender polymerases, respectively. ...The translesion synthesis (TLS) DNA polymerases Rev1 and Polζ function together in DNA lesion bypass during DNA replication, acting as nucleotide inserter and extender polymerases, respectively. While the structural characterization of the Saccharomyces cerevisiae Polζ in its DNA-bound state has illuminated how this enzyme synthesizes DNA, a mechanistic understanding of TLS also requires probing conformational changes associated with DNA- and Rev1 binding. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of the apo Polζ holoenzyme. We show that compared with its DNA-bound state, apo Polζ displays enhanced flexibility that correlates with concerted motions associated with expansion of the Polζ DNA-binding channel upon DNA binding. We also identified a lysine residue that obstructs the DNA-binding channel in apo Polζ, suggesting a gating mechanism. The Polζ subunit Rev7 is a hub protein that directly binds Rev1 and is a component of several other protein complexes such as the shieldin DNA double-strand break repair complex. We analyzed the molecular interactions of budding yeast Rev7 in the context of Polζ and those of human Rev7 in the context of shieldin using a crystal structure of Rev7 bound to a fragment of the shieldin-3 protein. Overall, our study provides new insights into Polζ mechanism of action and the manner in which Rev7 recognizes partner proteins.
リンクJ Biol Chem / PubMed:34174285 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2 - 4.11 Å
構造データ

23570

7lxd

EMDB-23570, PDB-7lxd:
Structure of yeast DNA Polymerase Zeta (apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.11 Å

PDB-6ve5:
X-ray structure of human REV7 in complex with Shieldin3 (residues 41-74)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

由来
  • Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / DNA damage response / DNA double-strand break repair / DNA end resection / homologous recombination (相同組換え) / non-homologous end joining (非相同末端結合) / Shieldin3 / SHLD3 / RINN1 / REV7 / 53BP1 / RIF1 / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / nucleic acid binding (核酸) / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / metal ion binding (金属) / catalytic activity

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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