CCP4形式の3次元密度分布マップデータ

関連情報:EMDB / Q: マップデータのフォーマットは何ですか？ / Q: どのソフトを使えば、EMDBのマップデータを見られますか？ / Q: マップデータとは電子密度マップのことですか？

外部リンク:EMDB Map Distribution Format Description / Format technical details / CCP4 - Wikipedia

XML形式のメタ情報(付随情報)データ

EMDBエントリのマップに付随する情報、実験情報、サンプルの詳細情報などを含むXML形式のデータファイル

関連情報:EMDB / 2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

外部リンク:EMDB Schema v3 / EMDB Schema v1.9 / 文書ディレクトリ

マスクパターン、部分マップ、セグメンテーションマップなど

関連情報:EMDB

XML形式のフーリエシェル相関データ、解像度の算出に利用

関連情報:EMDB

外部リンク:Fourier shell correlation - Wikipedia / FSC-schema

wwPDBとEMDBによるEMDBエントリの検証レポート

関連情報:EMDB / wwPDB検証レポート

外部リンク:User guide to the EmDataBank map validation reports

PDBの公式データフォマット。原子座標と付随情報を含む。STAR形式に基づくテキストデータ。

関連情報:PDB / Q: PDBの座標データの形式は、どのような違いがあるのですか？

外部リンク:PDBx/mmCIF辞書関連情報 / Crystallographic Information File

以前のPDBの公式データフォマット、原子座標データを含む

関連情報:PDB / Q: PDBの座標データの形式は、どのような違いがあるのですか？

外部リンク:Atomic Coordinate Entry Format Version 3.3

PDBx/mmCIF"をJSON形式で表現した、PDBjが開発したファイルフォーマット

関連情報:PDB / Q: PDBの座標データの形式は、どのような違いがあるのですか？

外部リンク:mmJSON - PDBjヘルプ

wwPDBによるPDBエントリの検証レポート

関連情報:PDB / EMDB検証レポート

外部リンク:wwPDB: Validation Reports / 検証レポートには、どんな種類がありますか？ - validation FAQ

3次元電子顕微鏡データブラウザ

URL: https://pdbj.org/emnavi/.

• 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイト
• EMDB-PDBの横断検索や統計情報のサービス、類似構造へのリンクなどをを提供しています
• 最新のEM構造データや構造論文を手早くチェックできます

関連情報:EMDB / PDB / PDBj / Q: EM Navigatorの情報源は？ / EMN検索 / EMN文献 / EMNギャラリー / EMN統計情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

3次元電子顕微鏡データ検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/esearch.php

豊富な検索条件と表示条件で、EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリを検索できます。

関連情報:EMDB / PDB / EM Navigator / Q: EM Navigatorの情報源は？ / 万見検索 / 2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

URL: https://pdbj.org/emnavi/pap.php?em=1

• EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
• PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は？ / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

3DEMデータを画像で一覧

URL: https://pdbj.org/emnavi/gallery.php

分類はEM Navigator独自のものです。厳密な分類ではありません。

関連情報:EM Navigator

3DEMデータの統計情報を表やグラフで閲覧

URL: https://pdbj.org/emnavi/stat.php

• 表はソートできます。列の先頭をクリックすると、その列基準のソートになります。（再度クリックすると逆順、[Shift]+クリックで複数列基準のソート）
• 行や列の先頭にマウスカーソルを置くと、棒グラフが現れます。
• 数値のセルをクリックすると該当する検索結果のページが開きます。
• 例：
• 「解像度」 vs.「手法」
• 「試料温度」 vs.「 解像度」

関連情報:Q: EM Navigatorの情報源は？ / EM Navigator / 2013年3月30日: EM Navigatorの新ページ「統計情報ページ」の公開を開始しました

幾万の構造データを、幾万の視点から

URL: https://pdbj.org/emnavi/quick.php

• 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
• EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBなどの横断検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/ysearch.php

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / EMN検索 / 万見 (Yorodumi) / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

URL: https://pdbj.org/emnavi/pap.php

• EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
• Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/taxo.php

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

「カタチ」で構造検索

URL: https://pdbj.org/omokage/

• Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。
• 検索の対象となるデータセットは、EMDBのマップデータ、PDBの登録構造（通常は非対称単位、AU）、PDBの生物学的単位(BU)、SASBDBの登録モデルで、合計約20万の構造データからの検索となります。
• EMDB・PDB・SASBDBの登録データ、あるいは利用者所有のオリジナルの構造を使った検索が可能です。
• 対応する形式は、PDB形式(原子モデル、SAXSビーズモデルなど)か、CCP4/MRC形式(3次元密度分布マップ)です。
• 比較はiDRプロファイル法によって行います。

関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索 / gmfit / gmfitで並べなおし

万見・EM Navigator・Omokageなどのヘルプや情報を検索・閲覧

URL: https://pdbj.org/emnavi/doc.php

新型コロナウイルスの情報ページ

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

機能・相同性の類似性検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/fh-search.php

構造データに関連付けられた機能・相同性アイテムの類似性に基づき、類似するデータを構造データベースから検索します。

関連情報:機能・相同性情報

動画による3DEM構造データビューア

• ムービーには横回転、縦回転、切断面の移動のモーションが録画されています。
• ムービーのフレームは、マウスやタッチの位置で切り替わるので、分子構造ビューアのようなインタラクティブな操作が可能です。
• ムービー画面上のマウスや指の位置と動く方向に合わせてフレームが切り替わり、モデルが縦方向・横方向に回転します。
• 画面上部でマウスや指を横に移動させると、断面のモーションが表示されます。

関連情報:Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？ / Q: EM Navigator上のムービーやムービーのスナップショットを、プレゼンテーションや論文などに利用できますか？ / SurfView / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

オープンソースの3次元化学構造ビューア

• マウス・タッチ操作

  	X-Y回転	X-Y移動	拡大・縮小
  マウス操作	左ボタンドラッグ	[Ctrl] + 右ボタンドラッグ	中ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転
  タッチ操作	1本指	2本指	ピンチ（つまむ動作）

• Jmolメニュー: [Ctrl] + クリック / 右クリック

関連情報:Molmil / 万見 (Yorodumi)

外部リンク:Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D

WebGLを利用した分子構造ビューア

• PCだけでなく、スマートフォンやタブレットでも動作します。(WebGLと呼ばれる仕組みを利用しています)
• マウス・タッチ操作

  	X-Y回転	X-Y移動	拡大・縮小
  マウス操作	左ボタンドラッグ	中ボタンドラッグ / [Shift] + 左ボタンドラッグ	右ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転
  タッチ操作	1本指	_	ピンチ（つまむ動作）

• 機能メニュー: ビューアースクリーンの左上部ボタン

関連情報:Jmol/JSmol / SurfView / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

外部リンク:Documentation of Molmil in PDBj site / Molmil page in GitHub

ブラウザ上で動作するEMDBマップの表面モデルビューア

• PCだけでなく、スマートフォンやタブレットでも動作します。
• WebGLとJavaScript3次元ライブラリを利用しています。
• 単純化とデータサイズ削減のために、表面モデルが改変されている場合があります。完全な解像度の構造はムービーでご覧ください。
• マウス・タッチ操作%table-2%

関連情報:ムービービューア / Molmil / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

万見とOmokageではこれらのデータベスの横断検索が可能です

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / Covid-19情報 / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記 / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ

関連情報:3つのデータバンクの比較 / Q: 「EMD」とは何ですか？ / 2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

Electron Microscopy Data Bank、 3DEMのためのデータバンク

URL: https://www.ebi.ac.uk/emdb/

関連情報:3次元電子顕微鏡(3DEM) / PDB / 3つのデータバンクの比較

外部リンク:The Electron Microscopy Data Bank - EBI / EMDataResource

蛋白質構造データバンク(PDB) - タンパク質や核酸、それらの複合体の3次元構造のための唯一のデータベース

URL: https://wwPDB.org/

関連情報:PDBj / EMDB

日本蛋白質構造データバンク (Protein Data Bank Japan)

URL: http://pdbj.org/

wwPDBのメンバー

関連情報:PDB / PDBML-plusからの情報

外部リンク:プロテインデータバンク研究室 / PDBj@Facebook / PDBj@Twitter

生体試料小角散乱データバンク - 小角散乱のデータと立体構造モデルのデータバンク

URL: http://www.sasbdb.org/

• EMBLのBioSAXSにより運営
• 2014年に設立

関連情報:3つのデータバンクの比較

外部リンク:Valentini E, Kikhney AG, Previtali G, Jeffries CM, Svergun DI. SASBDB, a repository for biological small-angle scattering data. Nucleic Acids Res. 2015 Jan 28;43:D357-63.

ガウス混合モデル(Gaussian Mixture Model, GMM)を使った3DEMマップのフィッティングプログラム

URL: https://pdbj.org/gmfit/

• 阪大・蛋白研の川端猛 博士により開発
• Omokage検索から利用

関連情報:Omokage検索 / 2015年12月4日: Omokage検索の論文がオンライン出版されました / gmfitで並べなおし

外部リンク:Pairwise gmfit

3次元構造を得るための電子顕微鏡解析の総称

• たとえば、単粒子解析、電子線トモグラフィー、電子線結晶学など

  試料の「集合状態」	主に使われる手法
  単独の構造 (individual structure)	電子線トモグラフィー (electron tomography)
  単粒子 (single particle)	単粒子解析 (single particle analysis)
  正20面体対称 (icosahedral)	単粒子解析
  らせん対称 (helical)	らせん対称再構成 (helical reconstruction) / 単粒子解析
  2次元結晶 (2D-crystal)	電子線結晶学 (electron diffraction) / フーリエフィルタ (Fourier filtering)

• NMRやX線結晶学と比較して、一般的には次のような特徴がある

  長所	試料調製のハードルが低い - 低純度・希少な試料、巨大・柔軟・脆弱・不均一な対象にも利用可能
  短所(以前)	解像度が低い - 原子レベルの解像度の解析は難しい
  短所(近年)	高性能な電子顕微鏡の設置と維持は高額を要し、普及の途上である

関連情報:EMDB / 低温電子顕微鏡（クライオ電顕、cryoEM）

クライオ（低温）条件下の試料が観察可能な電子顕微鏡法、あるはその装置

試料は、4～100K (-269～-170℃)に冷却される。これにより高真空中でも水和状態を保ち、電子線照射によるダメージも軽減される。

関連情報:3次元電子顕微鏡(3DEM) / Q: 3DEMとは、低温電子顕微鏡法（クライオ電顕、cryoEM）のことですか？

この注釈の付いたムービーは、最新のマップデータに対応していない可能性があります。

EMDBのマップデータは、修正されることがあります。EM Navigatorのムービー作成作業は完全自動ではなく、全ての修正への追従はできていません。したがっていくつかのデータエントリについては、ムービーやそれに関するパラメータは古いマップデータを元にしており、新しいマップデータには対応していない場合があります。

関連情報:Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？

PDBにおける糖鎖・炭水化物の情報の表現について

• 2020年7月にPDBでの糖鎖データの表現について、大規模な更新が実施されました。
• 糖鎖の画像はGlycanBuilder2で作成されています。
• その他、詳細は下記のリンクを参照してください。

外部リンク:Implementation of GlycanBuilder to draw a wide variety of ambiguous glycans - ScienceDirect / GlycanBuilder2 - RINGS (Resource For INformatics Of Glycomes at Soka) / Carbohydrate Remediation - wwPDB documentation / 7月29日に糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開します - PDBjお知らせ

EMDB・PDB・SABDBから収集した実験情報のデータベース

URL: https://pdbj.org/emnavi/ysearch.php?&act_tab=met

関連情報:3つのデータバンクの比較 / 万見検索

関連データベースから収集した分子機能・ドメイン・相同性などの情報

• 万見と万見検索では、構造データの機能の理解や類似構造データの検索に役立つように、分子機能や相同性に関するデータベースの情報を表示・活用しています。
• EMDBのヘッダXML、PDBx/mmcif、sasCIFの公式のデータに含まれるEC、EMBL、GeneBank、GO、InterPro、UniProtなどの情報に加えて、PDBMLplus経由、EMDB-PDBフィッティングデータ経由、UniProt経由で収集された、Pfam、PROSITE、Reactome、UniProtKBなどの情報が整理されています。

  カテゴリ	データベース名・定義名
  分子機能	Gene ontology, Enzyme Commission number, Reactome, etc.
  ドメイン・相同性	CATH, InterPro, SMART, etc.
  構成要素	UniProt, GenBank, PDB chemical component, etc.

関連情報:F&H 検索 / PDBML-plusからの情報 / 万見検索 / 万見 (Yorodumi) / F&H 検索

Omokage検索による類似度順位をgmfitによる相関係数に従って再順位付けすることができます。以下の様な特徴を持つ2つの手法の「いいとこ取り」を目指した機能です。

関連情報:gmfit / Omokage検索

新しいEM Navigatorと万見の変更点(2016年9月)

• 変更点
• ページ外観や操作性を刷新しました。新しい「万見」と「Omokage検索」と共通化し、PCだけでなくモバイル機器にも対応しました。
• EM Navigatorの個別のデータエントリのページ（旧版の「詳細ページ」）は、新しい「万見」が受け持ちます。「Omokage検索」のフロントエンド・詳細情報表示も兼ねた、EMDB、PDB、SASBDB用の共通の詳細ページです。
• 構造ビューア、ムービービューアは個別のポップアップウインドウに表示されます。PCでは一度に複数のビューアウインドウの表示が可能です。モバイル機器ではタッチ操作にも対応しています。
• 新しい機能
• 3次元構造の閲覧に、分子構造ビューア「Molmil」と、EMDBマップ表面モデルビューア「SurfView」が利用できるようになりました。
• 万見はSASBDBのデータエントリの表示に対応しました。
• その他新しいページ （引用文献のデータベース「万見文献」「EMN文献」、キーワードによる横断検索「万見検索」など)
• 旧版のページも、当面は継続します。

関連情報:EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / SurfView / Molmil / ムービービューア / EMN文献 / 万見文献 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

PDBMLplusはXML形式のPDBデータフォーマットである「PDBML」のデータに対し、個々の分子に関する情報をPDBjで独自に追加したものです。

関連情報:PDBj / 機能・相同性情報

外部リンク:PDBMLplus - PDBjヘルプ / 機能情報のページについて - PDBjヘルプ

万見・EM Navigatorの管理者による注釈

関連情報:Q: この文書を書いているのは誰ですか？EM Navigator、万見、Omokage検索などの開発者は？