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-ありがちな質問と回答 (15)
+Q: 構造データの画像はどうやって作っているのですか？色はどういう意味があるのですか？
A: EMDBの画像はEM Navigatorの画像、PDBデータの画像は万見の画像です。色付けは複数のパターンがあります。
詳細はについては、それぞれの項目をご覧ください。
関連情報:
Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？ / Q: 万見やOmokageのEMDBの画像は、どうやって作っていますか？ / Q: 万見やOmokageのPDBの画像は、どうやって作っていますか？
+Q: データの更新はいつですか？
A: EMDBとPDBのデータは、毎週水曜の日本時間午前9:00に更新・公開されます
- EM Navigatorと万見、Omokage検索のデータも同時に更新されます。
- SASBDBは不定期に更新されているようです。
関連情報:Q: EMDBの公式データはどこにありますか？
+Q: 3DEMとは、低温電子顕微鏡法（クライオ電顕、cryoEM）のことですか？
A: 「3DEM」と「クライオ電顕」は厳密には別の用語です。
- しかしながら、「3DEM」と「クライオ電顕」は深い関係にあり、しばしば同じ意味の用語として使用されます。
- 多くの3DEMデータはクライオ電顕によるものですが、すべてがそうではありません。EMDBやPDBにも低温環境下ではない実験で得られた構造データがいくつか登録されています
関連情報:3次元電子顕微鏡(3DEM) / 低温電子顕微鏡（クライオ電顕、cryoEM）
+Q: EMDBの公式データはどこにありますか？
A: 以下3つです。すべて同じ内容で、更新時刻も同じです
| 国 | 組織 | HTTP URL | FTP URL |
|---|---|---|---|
| 日本 | PDBj | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb | ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb |
| イギリス | EBI | https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb |
| アメリカ | wwPDB & RCSB PDB | https://ftp.wwpdb.org/pub/emdb | ftp://ftp.wwpdb.org/pub/emdb |
関連情報:Q: データの更新はいつですか？
+Q: マップデータとは電子密度マップのことですか？
A: よく似ていますが、違います。
- 厳密には、3D-EMで得られるマップは、電子密度ではなくクーロンポテンシャル(ポテンシャル密度)に関係しています。
- 現在、原子モデルの当てはめや原子モデルの構築の過程では、両者の違いはあまり考慮されていないようです
- プロトン化の有無によって密度に差が出るという報告もあります。
関連情報:Q: マップデータのフォーマットは何ですか？ / EMDBマップデータ形式
+Q: マップデータのフォーマットは何ですか？
A: CCP4マップ型式です
バイナリ形式のデータで、マップのサイズなどを記述するためのヘッダと、密度値を記述するための本体からなります。
関連情報:Q: マップデータとは電子密度マップのことですか？ / Q: どのソフトを使えば、EMDBのマップデータを見られますか？ / EMDBマップデータ形式
外部リンク:
EMDB Map Distribution Format Description (PDF文書) / CCP4 map format
+Q: どのソフトを使えば、EMDBのマップデータを見られますか？
A: 多くのソフトウェアが、マップデータの表示に対応しています
- このページで紹介されているソフトウェアが相応しいでしょう。
- EM Navigatorでは、EMDBエントリのムービー作成にUCSF-Chimeraを使用しています。
- この分野の研究者には、UCSF-Chimeraのユーザーが多いようです。
関連情報:Q: マップデータのフォーマットは何ですか？ / Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？ / EMDBマップデータ形式
外部リンク:UCSF Chimera Home Page
+Q: 「EMD」とは何ですか？
A: EMD (またはemd)は、EMDBのID番号の「接頭語」です
- 設立当初は、EMDBはEMDとも呼ばれていました。
- EM NavigatorではPDBとEMDBのデータを利用しているため、IDの表記は、[データベースの名称-ID]とし、接頭語は省略しています。例: EMDB-1001, PDB-1brd
関連情報:EMDB / EM Navigator / 2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更 / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記
+Q: EM Navigatorの情報源は？
A: EMDBとPDBの電子顕微鏡データです
- 主要な情報源
- EMDB全エントリ
- PDBエントリのうち、手法(exptl.details)として"electron microscopy"か、"electron diffraction"が記述されているエントリ
- 以下の情報やコンテンツはEM Navigator独自のものです:
- ムービーやそのスナップショット
- 投影像と断面図
- 関連データの一部と、類似構造の情報
関連情報:EM Navigator / EMDB / PDB / EMN検索 / EMN文献 / EMN統計情報
+Q: EM Navigator上のムービーやムービーのスナップショットを、プレゼンテーションや論文などに利用できますか？
+Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？
A: UCSF-ChimeraかJmolで連続画像を作成し、FFmpegでムービーにエンコードしています
- Chimeraのスクリプトの例です。
system mkdir img1 movie reset movie record fformat png directory ./img1/ pattern img* roll y 2 180; wait wait 15 roll x 2 180; wait reset pos1; wait reset pos2 180; wait reset pos1 180; wait reset movie stop
「pos1」と「pos2」は、断面を表示するモーションの開始点と終了点で保存したpositionです - ムービーと併せてChimeraのセッションファイルを公開しています。参考になるかもしれません。
関連情報:Q: どのソフトを使えば、EMDBのマップデータを見られますか？ / Q: 構造データの画像はどうやって作っているのですか？色はどういう意味があるのですか？ / Q: 万見やOmokageのEMDBの画像は、どうやって作っていますか？ / ムービービューア / 「古いムービー」
外部リンク:UCSF Chimera Home Page / Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D / FFmpeg
+Q: 万見やOmokageのEMDBの画像は、どうやって作っていますか？
A: Chimeraを利用して半自動的に作成しています
- 方法:
- EM Navigatoの構造エントリの動画・画像は、動画はUSCF Chimeraを利用して半自動的に作成しています。
- 方向:
- 手作業で、そのデータに相応しい方向（論文が出版・発行されている場合はその図を参考にします）、あるいは同様の構造がある場合は極力それに似た方向になるようにしています。
- 正20面体対称の構造体の場合は、一般的な描画では2回対称軸に沿った方向にしますが、EM Navigatorでは5回対称軸を縦に向けています。これは尾構造を持つバクテリオファージなどに見られる擬似的な正20面体対称構造と方向を統一するためです。
- 色:
- EM Navigatorでは、ほとんどのデータに対して、着色したものと単色の画像を用意していますが、Omokage検索では着色したものが表示されます。
- 色は中心からの距離か、円筒半径か、あるいはある軸に沿った「高さ」によって決まります。個々の動画の着色法ついては、データの詳細ページに表示されています。
関連情報:Q: 万見やOmokageのPDBの画像は、どうやって作っていますか？ / Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか？ / Q: 構造データの画像はどうやって作っているのですか？色はどういう意味があるのですか？
外部リンク:UCSF Chimera Home Page
+Q: 万見やOmokageのPDBの画像は、どうやって作っていますか？
A: Jmolを利用して全自動で作成しています。スタイルはデータの種類によります。
- 方向:
- 正20面体対称構造: そのままの方向
- らせん対称構造: まず6方向(+/- X,Y,Z 方向)からの画像をJPEG形式で作成し、ファイルのサイズが一番大きかったものを採用しています。(同じサイズの画像のJPEG形式のファイルのサイズは、圧縮の難しさ、つまり画像の複雑さによるからです)
- その他: Jmolの"roate best"コマンドを利用
- リボソーム: Jmolの"roate best"コマンドを利用(ただしRNAの座標のみ考慮)
- 色:
- モノマーのAU: 配列順による虹色 (N->C, 青->赤)
- モノマーのAUのBU: Jmolの"color molecule"
- マルチマーのAUと、そのBU (BUがモノマーの場合も含む): "color chain" (Jmolの "color chain"は虹色着色ではなく、鎖IDごとに定められた色による着色です)
- (ここでいうモノマーとは、DNAかRNAかポリペプチドの鎖が一つしかない構造です)
- 問題点:
- 集合体のモデル作成はJmolのシステムを利用しています。ほとんどのデータについてはうまく動作していますが、一部うまく作成できていないものがあります。
- 現在、画像のチェックと再作成を進めています。正しく描画されていない画像が残っています。
関連情報:Q: 万見やOmokageのEMDBの画像は、どうやって作っていますか？
外部リンク:Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D
+Q: この文書を書いているのは誰ですか？EM Navigator、万見、Omokage検索などの開発者は？
A: 大阪大学蛋白質研究所・PDBjの鈴木博文です。
大阪大学蛋白質研究所 蛋白質データベース開発研究室
関連情報:PDBj / 万見注釈
外部リンク:PDBjへお問い合わせ / プロテインデータバンク研究室
+Q: PDBの座標データの形式は、どのような違いがあるのですか？
A: 以下の通りです
| 形式 | mmCIF互換情報 | ファイル形式のベース | 提供組織 | コメント |
|---|---|---|---|---|
| PDBx/mmCIF | - | CIF > STAR > プレーンテキスト | wwPDB | 公式フォーマット |
| PDB | no | プレーンテキスト | wwPDB | 過去の公式フォーマット |
| PDBML | yes | XML > プレーンテキスト | wwPDB | プログラマー・開発者向け |
| PDBx/mmJSON | yes | JSON > プレーンテキスト | PDBj | プログラマー・開発者向け |
関連情報:PDBx/mmCIF形式 / PDB形式 / PDBx/mmJSON形式