3次元電子顕微鏡データブラウザ

URL: https://pdbj.org/emnavi/.

• 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイト
• EMDB-PDBの横断検索や統計情報のサービス、類似構造へのリンクなどをを提供しています
• 最新のEM構造データや構造論文を手早くチェックできます

関連情報:EMDB / PDB / PDBj / Q: EM Navigatorの情報源は？ / EMN検索 / EMN文献 / EMNギャラリー / EMN統計情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

3次元電子顕微鏡データ検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/esearch.php

豊富な検索条件と表示条件で、EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリを検索できます。

関連情報:EMDB / PDB / EM Navigator / Q: EM Navigatorの情報源は？ / 万見検索 / 2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

URL: https://pdbj.org/emnavi/pap.php?em=1

• EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
• PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は？ / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

3DEMデータを画像で一覧

URL: https://pdbj.org/emnavi/gallery.php

分類はEM Navigator独自のものです。厳密な分類ではありません。

関連情報:EM Navigator

3DEMデータの統計情報を表やグラフで閲覧

URL: https://pdbj.org/emnavi/stat.php

• 表はソートできます。列の先頭をクリックすると、その列基準のソートになります。（再度クリックすると逆順、[Shift]+クリックで複数列基準のソート）
• 行や列の先頭にマウスカーソルを置くと、棒グラフが現れます。
• 数値のセルをクリックすると該当する検索結果のページが開きます。
• 例：
• 「解像度」 vs.「手法」
• 「試料温度」 vs.「 解像度」

関連情報:Q: EM Navigatorの情報源は？ / EM Navigator / 2013年3月30日: EM Navigatorの新ページ「統計情報ページ」の公開を開始しました

幾万の構造データを、幾万の視点から

URL: https://pdbj.org/emnavi/quick.php

• 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
• EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBなどの横断検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/ysearch.php

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / EMN検索 / 万見 (Yorodumi) / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

URL: https://pdbj.org/emnavi/pap.php

• EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
• Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/taxo.php

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

「カタチ」で構造検索

URL: https://pdbj.org/omokage/

• Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。
• 検索の対象となるデータセットは、EMDBのマップデータ、PDBの登録構造（通常は非対称単位、AU）、PDBの生物学的単位(BU)、SASBDBの登録モデルで、合計約20万の構造データからの検索となります。
• EMDB・PDB・SASBDBの登録データ、あるいは利用者所有のオリジナルの構造を使った検索が可能です。
• 対応する形式は、PDB形式(原子モデル、SAXSビーズモデルなど)か、CCP4/MRC形式(3次元密度分布マップ)です。
• 比較はiDRプロファイル法によって行います。

関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索 / gmfit / gmfitで並べなおし

万見・EM Navigator・Omokageなどのヘルプや情報を検索・閲覧

URL: https://pdbj.org/emnavi/doc.php

新型コロナウイルスの情報ページ

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

機能・相同性の類似性検索

URL: https://pdbj.org/emnavi/fh-search.php

構造データに関連付けられた機能・相同性アイテムの類似性に基づき、類似するデータを構造データベースから検索します。

関連情報:機能・相同性情報