ニュース (2011年06月17日)
wwPDBは、PDB Exchange Dictionaryのバージョン4.0に準拠した新しいバージョンのファイルを、2011年7月13日に公開します。
本改善には、生物学的単位、残留B因子、ペプチド阻害剤、抗生物質、非標準の結晶フレームを含む複雑な問題が含まれています。 見直し及びその結果行った変更・修正の詳細な説明は、 Description of the review and resulting changes and corrections (PDF) をご覧ください。本公開によって、バージョンが更新され、改訂ログが付与されます。
PDB形式のファイルは、本修正で変更のあったエントリーのみ(17000未満)が更新されます。PDB形式のファイルには、本変更によりバージョン3.3が付与されます。PDBx/mmCIFとPDBML/XML形式のファイルは全て、新しいスキーマが反映されて更新されます。データの如何なる変更も、PDBX_VERSIONデータカテゴリと本公開に対する改訂ログに記録されます。
2011年7月13日以降は、新規に公開されるエントリや更新されるエントリは全て、更新された形式(PDBx/PDBMLバージョン4.0とPDBファイル形式3.3)に従います。wwPDB FTPのローカルコピーを保持するユーザは、rsyncによって、新しいファイルをダウンロードできます。 (詳細は、 http://www.pdbj.org/pdbj_archive_j.html 又は http://www.wwpdb.org/downloads.html を参照して下さい)。
本アーカイブ公開前のタイムスタンプスナップショットは、 ftp://snapshots.pdbj.org/ 又は ftp://snapshots.rcsb.org/ から取得できます。
これらのデータには、世界中のユーザーに正確で詳細なデータを提供するというwwPDBの継続的な方針が示されています。
ニュース (2011年07月13日)
- 新しいPDBMLplusスキーマ(pdbMLplus_v40.xsd) を公開しました。詳細は ヘルプページ をご覧下さい。
- PDBML (ver 4.0)をパースできるjVの最新版(jV4.0)がリリースされました。jV 4.0 より以前の版では、PDBML (ver 4.0)をパースできないことがありますので、ご注意ください。最新版は こちら からダウンロードしてお使い下さい。
wwPDBは、PDB Exchange Dictionaryのバージョン4.0に準拠した新しいバージョンのファイルを公開しました。
新しいバージョンは、 PDB
Exchange Dictionary v.4.0 に準拠し、生物学的単位、残留B因子、ペプチド阻害剤、抗生物質、非標準の結晶フレームを含む複雑な問題の改善結果が反映されています。
見直し及びその結果行った変更・修正の説明は、 Description of the review and resulting changes and corrections (PDF) をご覧ください。また、各エントリの変更内容は改訂ログ ( XLS and CSV )に列挙されています。
PDB形式のファイルは、本修正で変更のあったエントリーのみ(17000未満)が更新されます。PDB形式のファイルには、本変更によりバージョン3.3が付与されます。PDBx/mmCIFとPDBML/XML形式のファイルは全て、新しいスキーマが反映されて更新されます。データの如何なる変更も、PDBX_VERSIONデータカテゴリと本公開に対する改訂ログに記録されます。
2011年7月13日以降は、新規に公開されるエントリや更新されるエントリは全て、更新された形式(PDBx/PDBMLバージョン4.0とPDBファイル形式3.3)に従います。wwPDB FTPのローカルコピーを保持するユーザは、rsyncによって、新しいファイルをダウンロードできます。(手順は PDBjウェブサイトの “ PDB Archive/Snapshot Archive ” または、 http://www.wwpdb.org/downloads.html をご覧ください)。
本アーカイブ公開前のタイムスタンプスナップショットは、 ftp://snapshots.pdbj.org/ 又は ftp://snapshots.rcsb.org/ から取得できます。
これらのデータには、世界中のユーザーに正確で詳細なデータを提供するというwwPDBの継続的な方針が示されています。
ニュース (2011年04月20日)
ニュース (2011年04月13日)
ニュース (2011年01月12日)
- 2011年1月15日(JST)より、次週に公開が予定されているPDB ID一覧を、事前にお知らせします( wwPDBニュース... )
ニュース (2011年08月18日)
ニュース (2011年12月20日)
EMデータバンクがPDBアーカイブに追加されます
三次元電子顕微鏡法によって決定したマップの一次アーカイブ、EMデータバンク(EMDB)が、2012年3月7日にPDBアーカイブに追加されます。
EMDBの wwPDB への統合によって、3DEMの結果は全て、一つのアーカイブに追加されます。 wwPDBは、様々な実験手法を網羅するようなCommon DepositionAnnotation Toolの開発を進めており、EMDBの統合は、DA Toolの開発において重要なステップとなります。
EMDBデータの追加によって、wwPDBアーカイブのサイズは現在の130GBからおよそ180GBへ増加します。wwPDBアーカイブのミラーサイトを運営されている方々は、データの増加に応じて容量を増やす必要がありますので、ご注意ください。
3DEMデータの利用者にとっての主な影響は、マップをダウンロードする場所(URL)が変更される点ですが、登録者には直接の影響はなく、マップとモデルの登録は、これまで通りEMdataBankで行います。 3DEMマップの登録にはEMDB IDが付与され、座標エントリの登録にはPDB IDが付与されます。
EMDBの統合とデータへのアクセス方法の詳細は http://wwpdb.org/em/ をご覧ください。
ニュース (2011年06月16日)
- PDB40シンポジウムへの若手研究者参加支援事業について
2011年10月28-30日の3日間にわたり、米国ニューヨーク州ロングアイランドのコールド・スプリング・ハーバー研究所において開催されます PDB40周年記念シンポジウム に参加・発表する若手研究者に対して、PDBjでは参加費・旅費の支援を行います。詳細は こちらへ(pdb40.doc)
ニュース (2011年06月07日)
- 2011年6月6日(月)に、第11回日本蛋白質科学会年会にて、PDBjサテライトワークショップを開催いたしました。( 詳細... )
ニュース (2011年01月18日)
- 2011年1月17日(月)、18日(火)に、「DDBJing 講習会PDBj 講習会 in 長浜」を長浜バイオ大学にて開催いたしました。( セミナー資料 )
ニュース (2011年12月05日)
- 2011年11月25日に行われました2011年日本結晶学会年会におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧下さい。
ニュース (2011年09月20日)
- 2011年9月16日に行われました第49回日本生物物理学会におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。来年以降に実施予定の新PDBフォーマットや、PDB/RDFについて紹介しておりますので、ご興味のある方は是非ご覧下さい。