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万見
- EMDB-43656: CryoEM structure of Gi-coupled TAS2R14 with cholesterol and an in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43656
タイトルCryoEM structure of Gi-coupled TAS2R14 with cholesterol and an intracellular tastant (Locally refined map)
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of TAS2R14 with Gi heterotrimer
キーワードGPCR (Gタンパク質共役受容体) / Complex / SIGNALING PROTEIN / Taste receptor
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kim Y / Gumpper RH / Roth BL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK116195 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Bitter taste receptor activation by cholesterol and an intracellular tastant.
著者: Yoojoong Kim / Ryan H Gumpper / Yongfeng Liu / D Dewran Kocak / Yan Xiong / Can Cao / Zhijie Deng / Brian E Krumm / Manish K Jain / Shicheng Zhang / Jian Jin / Bryan L Roth /
要旨: Bitter taste sensing is mediated by type 2 taste receptors (TAS2Rs (also known as T2Rs)), which represent a distinct class of G-protein-coupled receptors. Among the 26 members of the TAS2Rs, TAS2R14 ...Bitter taste sensing is mediated by type 2 taste receptors (TAS2Rs (also known as T2Rs)), which represent a distinct class of G-protein-coupled receptors. Among the 26 members of the TAS2Rs, TAS2R14 is highly expressed in extraoral tissues and mediates the responses to more than 100 structurally diverse tastants, although the molecular mechanisms for recognizing diverse chemicals and initiating cellular signalling are still poorly understood. Here we report two cryo-electron microscopy structures for TAS2R14 complexed with G (also known as gustducin) and G. Both structures have an orthosteric binding pocket occupied by endogenous cholesterol as well as an intracellular allosteric site bound by the bitter tastant cmpd28.1, including a direct interaction with the α5 helix of G and G. Computational and biochemical studies validate both ligand interactions. Our functional analysis identified cholesterol as an orthosteric agonist and the bitter tastant cmpd28.1 as a positive allosteric modulator with direct agonist activity at TAS2R14. Moreover, the orthosteric pocket is connected to the allosteric site via an elongated cavity, which has a hydrophobic core rich in aromatic residues. Our findings provide insights into the ligand recognition of bitter taste receptors and suggest activities of TAS2R14 beyond bitter taste perception via intracellular allosteric tastants.
履歴
登録2024年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43656.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.876 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.72
最小 - 最大-5.5064735 - 7.32012
平均 (標準偏差)-0.0026596256 (±0.0857663)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 262.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43656_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43656_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of TAS2R14 with Gi heterotrimer

全体名称: Ternary complex of TAS2R14 with Gi heterotrimer
要素
  • 複合体: Ternary complex of TAS2R14 with Gi heterotrimer

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超分子 #1: Ternary complex of TAS2R14 with Gi heterotrimer

超分子名称: Ternary complex of TAS2R14 with Gi heterotrimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2793137
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 787890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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