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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ewq | ||||||
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タイトル | Influenza virus neuraminidase N1 NC13 ectodomain with a tetrabrachio-domain stalk | ||||||
要素 | Neuraminidaseノイラミニダーゼ | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / Tetrabrachion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Roelofs, M.C. / Zeev-Ben-Mordehai, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Nanoparticle display of neuraminidase elicits enhanced antibody responses and protection against influenza A virus challenge in mice 著者: Pascha, M.N. / Ballegeer, M. / Roelofs, M.C. / Meuris, L. / Albulescu, I.C. / van Kuppeveld, F.J.M. / Hurdiss, D.L. / Bosch, B.J. / Zeev-Ben-Mordehai, T. / Saelens, X. / de Haan, C.A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ewq.cif.gz | 255.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ewq.ent.gz | 201.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ewq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 50022MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42385.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2R4G842, ノイラミニダーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Influenza N1 NC13 with part of stalk replaced by tetrabrachion tetramerization domain タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/North Carolina/07/2013(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 48.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199724 / 対称性のタイプ: POINT |