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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bh9 | |||||||||
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タイトル | Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology aligning conformation | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA repair (DNA修復) / TMEJ / MMEJ | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis / DNA helicase activity / 塩基除去修復 / protein homooligomerization / 逆転写酵素 / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / ヘリカーゼ / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA修復 / DNA damage response / chromatin binding / ゴルジ体 / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zerio, C.J. / Lander, G.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human polymerase theta helicase positions DNA microhomologies for double-strand break repair 著者: Zerio, C.J. / Bai, Y. / Sosa-Alvarado, B.A. / Guzi, T. / Lander, G.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bh9.cif.gz | 302.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bh9.ent.gz | 237.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bh9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bh9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 44537MC 9bh6C 9bh7C 9bh8C 9bhaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99671.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLQ, POLH / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: O75417, ヘリカーゼ, DNAポリメラーゼ, 逆転写酵素 #2: DNA鎖 | 分子量: 17264.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: We added 2X pre-annealed DNA to the protein, lowered the NaCl concentration to 100 mM, and purified the DNA-bound complex by SEC. | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grids were glow discharged under vacuum for 30 s at 15 mA in a Pelco easiGlow 91000 Glow Discharge Cleaning System. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted for 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ...詳細: 3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted for 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 60024 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12440 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5424691 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107353 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Non-uniform refinement and local filtering by resolution 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 67.19 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: We modeled DNA bases into sharpened density when possible. We modeled the DNA backbone into locally filtered density in low resolution areas. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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