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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bei | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of synthetic claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain, sFab COP-2, and Nanobody | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSYTEM (生体膜) / Claudin (クローディン) / Fab / Toxin (毒素) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSYTEM complex (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin B chain 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å | ||||||
データ登録者 | Vecchio, A.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Computational design of soluble functional analogues of integral membrane proteins 著者: Goverde, C.A. / Pacesa, M. / Goldbach, N. / Dornfeld, L.J. / Balbi, P.E. / Georgeon, S. / Rosset, S. / Kapoor, S. / Choudhury, J. / Deuparea, J. / Schellhaas, C. / Kozlov, S. / Baker, D. / ...著者: Goverde, C.A. / Pacesa, M. / Goldbach, N. / Dornfeld, L.J. / Balbi, P.E. / Georgeon, S. / Rosset, S. / Kapoor, S. / Choudhury, J. / Deuparea, J. / Schellhaas, C. / Kozlov, S. / Baker, D. / Ovchinnikov, S. / Vecchio, A.J. / Correia, B.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bei.cif.gz | 160.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bei.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9bei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9bei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9bei | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 44479MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22078.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14591.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: cpe / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01558 |
#3: 抗体 | 分子量: 25263.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 抗体 | 分子量: 13175.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
#5: 抗体 | 分子量: 23517.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Synthetic human claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain, sFab COP-2, and nanobody against COP-2 タイプ: COMPLEX 詳細: Assembled complex of 5 proteins (Fab is 2 proteins) expressed from insect cells and E coli Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.103 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: UltraAuFoil 1.2/1.3 grids (Quantifoil) were glow discharged for 30 s at 15 mA in a Pelco easiGlow (Ted Pella Inc) instrument グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K 詳細: 3.5 microL of complex was applied onto grids and blotted for 3 s at 4 degrees C under 100 percent humidity then plunge frozen into liquid ethane cooled by liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1159 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1848208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21296 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 322 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1
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拘束条件 |
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