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万見
- PDB-8y6i: P-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar mole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y6i
タイトルP-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar molecules in nanodisc
要素
  • ATP-dependent translocase ABCB1,mNeonGreen
  • UIC2 Fab heavy chain
  • UIC2 Fab light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter / elacridar / P-glycoprotein (P糖タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of anion channel activity / ceramide translocation / terpenoid transport / ceramide floppase activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / external side of apical plasma membrane / regulation of response to osmotic stress ...positive regulation of anion channel activity / ceramide translocation / terpenoid transport / ceramide floppase activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / external side of apical plasma membrane / regulation of response to osmotic stress / Atorvastatin ADME / phosphatidylcholine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / transepithelial transport / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / Prednisone ADME / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / 生物発光 / regulation of chloride transport / stem cell proliferation / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / G2/M transition of mitotic cell cycle / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / コレステロール / elacridar / mNeonGreen / ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Hamaguchi-Suzuki, N. / Adachi, N. / Moriya, T. / Kawasaki, M. / Suzuki, K. / Anzai, N. / Senda, T. / Murata, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101083 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121013 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05425 日本
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of P-glycoprotein bound to triple elacridar inhibitor molecules.
著者: Norie Hamaguchi-Suzuki / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Satoshi Yasuda / Masato Kawasaki / Kano Suzuki / Satoshi Ogasawara / Naohiko Anzai / Toshiya Senda / Takeshi Murata /
要旨: P-glycoprotein (P-gp) is an ATP-binding cassette transporter known for its roles in expelling xenobiotic compounds from cells and contributing to cellular drug resistance through multidrug efflux. ...P-glycoprotein (P-gp) is an ATP-binding cassette transporter known for its roles in expelling xenobiotic compounds from cells and contributing to cellular drug resistance through multidrug efflux. This mechanism is particularly problematic in cancer cells, where it diminishes the therapeutic efficacy of anticancer drugs. P-gp inhibitors, such as elacridar, have been developed to circumvent the decrease in drug efficacy due to P-gp efflux. An earlier study reported the cryo-EM structure of human P-gp-Fab (MRK-16) complex bound by two elacridar molecules, at a resolution of 3.6 Å. In this study, we have obtained a higher resolution (2.5 Å) structure of the P-gp- Fab (UIC2) complex bound by three elacridar molecules. This finding, which exposes a larger space for compound-binding sites than previously acknowledged, has significant implications for the development of more selective inhibitors and enhances our understanding of the compound recognition mechanism of P-gp.
履歴
登録2024年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent translocase ABCB1,mNeonGreen
B: UIC2 Fab light chain
C: UIC2 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,31719
ポリマ－219,2383
非ポリマー7,07916
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ATP-dependent translocase ABCB1,mNeonGreen / ATP-binding cassette sub-family B member 1 / Multidrug resistance protein 1 / P-glycoprotein 1 / ...ATP-binding cassette sub-family B member 1 / Multidrug resistance protein 1 / P-glycoprotein 1 / Phospholipid transporter ABCB1


分子量: 170535.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB1, MDR1, PGY1, blFP-Y3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P08183, UniProt: A0A1S4NYF2, ABC-type xenobiotic transporter, P-type phospholipid transporter

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 UIC2 Fab light chain


分子量: 24321.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 UIC2 Fab heavy chain


分子量: 24381.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 3種, 16分子

#4: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-R0Z / elacridar / ~{N}-[4-[2-(6,7-dimethoxy-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)ethyl]phenyl]-5-methoxy-9-oxidanylidene-10~{H}-acridine-4-carboxamide / GF-120918


分子量: 563.643 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H33N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Multidrug resistance proteinATP-binding cassette transporter
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 20000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 48.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4482

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.9.8.92モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101021 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6QEX

6qex


Accession code: 6QEX / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 118.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00298636
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.554811793
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381374
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00451389
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.22841465

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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