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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v84 | ||||||||||||
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タイトル | 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 catalytic structure - Overall map) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | Ribosome/RNA / Ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / intermediate DEAD-box ATPase / Ribosome-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / snoRNA release from pre-rRNA / 有糸分裂 / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / intracellular mRNA localization / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / snoRNA release from pre-rRNA / 有糸分裂 / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / intracellular mRNA localization / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / tRNA methylation / rRNA base methylation / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of ATP-dependent activity / protein folding chaperone complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / regulation of cell size / maturation of 5.8S rRNA / proteasome binding / ribosomal subunit export from nucleus / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ATPase activator activity / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / 90S preribosome / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA transport / ribonucleoprotein complex binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / proteasome complex / nuclear periphery / small-subunit processome / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / オートファジー / protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / protein-macromolecule adaptor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 核膜 / 5S rRNA binding / ATPase binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / RNA helicase activity / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ヘリカーゼ / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / 核小体 / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae BY4741-AV16 (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cruz, V.E. / Weirich, C.S. / Peddada, N. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: The DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 initiates peptidyl transferase center formation during 60S ribosome biogenesis. 著者: Victor E Cruz / Christine S Weirich / Nagesh Peddada / Jan P Erzberger / 要旨: DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this ...DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this study, we present cryo-EM reconstructions of nucleolar pre-60S intermediates that reveal an unexpected, alternate secondary structure within the nascent peptidyl-transferase-center (PTC). Our analysis of three sequential nucleolar pre-60S intermediates reveals that the DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 remodels this alternate base pairing and enables the formation of the rRNA junction that anchors the mature form of the universally conserved PTC A-loop. Post-catalysis, Dbp10 captures rRNA helix H61, initiating the concerted exchange of biogenesis factors during late nucleolar 60S maturation. Our findings show that Dbp10 activity is essential for the formation of the ribosome active site and reveal how this function is integrated with subsequent assembly steps to drive the biogenesis of the large ribosomal subunit. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v84.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v84.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8v84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/8v84 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Saccharomyces cerevisiae ... , 2種, 2分子 12
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: GenBank: 834774822 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: GenBank: 1214879358 |
-ATP-dependent RNA helicase ... , 2種, 2分子 3D
#3: タンパク質 | 分子量: 113126.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q12389 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q03532, ヘリカーゼ |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 6
#4: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
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-タンパク質 , 12種, 12分子 7JKRWblnqvxy
#5: タンパク質 | 分子量: 23652.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P43586 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P36049 |
#17: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P38779 |
#24: タンパク質 | 分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P10962 |
#28: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P33201 |
#32: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q02892 |
#38: タンパク質 | 分子量: 20411.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q08962 |
#40: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P53261 |
#42: タンパク質 | 分子量: 69912.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P40991, 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase |
#46: タンパク質 | 分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P40007 |
#48: タンパク質 | 分子量: 35184.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P38805 |
#49: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q12522 |
-Ribosomal RNA-processing protein ... , 3種, 3分子 8Tw
#6: タンパク質 | 分子量: 50599.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P36080 |
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#26: タンパク質 | 分子量: 28268.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q06511 |
#47: タンパク質 | 分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P35178 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 8種, 8分子 AIZmortu
#7: タンパク質 | 分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q08235 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P53136 |
#30: タンパク質 | 分子量: 51861.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P38789 |
#39: タンパク質 | 分子量: 91830.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q04660 |
#41: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P53927 |
#43: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P40078 |
#44: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P40693 |
#45: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q07915 |
-Large ribosomal subunit protein ... , 7種, 7分子 BGHNOSa
#8: タンパク質 | 分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741-AV16 (パン酵母) 参照: UniProt: P14126 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P17076 |
#14: タンパク質 | 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P05738 |
#20: タンパク質 | 分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P05748 |
#21: タンパク質 | 分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P26784 |
#25: タンパク質 | 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX23 |
#31: タンパク質 | 分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX43 |
-60S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 CEFLMPQVYefhij
#9: タンパク質 | 分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P10664 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q02326 |
#12: タンパク質 | 分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P05737 |
#18: タンパク質 | 分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: Q12690 |
#19: タンパク質 | 分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P36105 |
#22: タンパク質 | 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P05740 |
#23: タンパク質 | 分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX49 |
#27: タンパク質 | 分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX41 |
#29: タンパク質 | 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P05743 |
#33: タンパク質 | 分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P38061 |
#34: タンパク質 | 分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P05744 |
#35: タンパク質 | 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX84 |
#36: タンパク質 | 分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P05745 |
#37: タンパク質 | 分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P49166 |
-非ポリマー , 3種, 4分子
#50: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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#51: 化合物 | ChemComp-MG / |
#52: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 60S ribosome biogenesis intermediate / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#49 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 39.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195000 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |