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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f1k | ||||||
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タイトル | SigN RNA polymerase early-melted intermediate bound to full duplex DNA fragment dhsU36 (-12T) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / promoter-bound / initiation / DNA melting / transcription bubble nucleation / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arginine metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...arginine metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / nucleotidyltransferase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / デオキシリボ核酸 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, A.U. / Chen, J. / Darst, S.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: A general mechanism for transcription bubble nucleation in bacteria. 著者: Andreas U Mueller / James Chen / Mengyu Wu / Courtney Chiu / B Tracy Nixon / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst / 要旨: Bacterial transcription initiation requires σ factors for nucleation of the transcription bubble. The canonical housekeeping σ factor, σ, nucleates DNA melting via recognition of conserved bases ...Bacterial transcription initiation requires σ factors for nucleation of the transcription bubble. The canonical housekeeping σ factor, σ, nucleates DNA melting via recognition of conserved bases of the promoter -10 motif, which are unstacked and captured in pockets of σ. By contrast, the mechanism of transcription bubble nucleation and formation during the unrelated σ-mediated transcription initiation is poorly understood. Herein, we combine structural and biochemical approaches to establish that σ, like σ, captures a flipped, unstacked base in a pocket formed between its N-terminal region I (RI) and extra-long helix features. Strikingly, RI inserts into the nascent bubble to stabilize the nucleated bubble prior to engagement of the obligate ATPase activator. Our data suggest a general paradigm of transcription initiation that requires σ factors to nucleate an early melted intermediate prior to productive RNA synthesis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f1k.cif.gz | 775.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f1k.ent.gz | 619 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f1k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/8f1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/8f1k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 28791MC 8f1iC 8f1jC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD
#1: DNA鎖 | 分子量: 11104.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 参照: GenBank: AE000657.1 #7: DNA鎖 | 分子量: 11045.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 参照: GenBank: AE000657.1 |
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-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#2: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 158105.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, ポリメラーゼ #5: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, ポリメラーゼ |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 M
#6: タンパク質 | 分子量: 54406.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoN, glnF, ntrA, b3202, JW3169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24255 |
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-非ポリマー , 3種, 13分子
#8: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EsN-dhsU36 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Self-built glow discharge unit was evacuated using a vacuum pump prior to application of voltage (no pressure and/or voltage readings available) グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6088 / 詳細: dose-fractionation, 0.05 s/frame (=40 frames total) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 892568 詳細: Particle number and FSC resolution estimate of full map provided 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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