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- PDB-7n5e: Structure of Mechanosensitive Ion Channel Flycatcher1 in GDN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n5e
タイトルStructure of Mechanosensitive Ion Channel Flycatcher1 in GDN
要素Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / mechanically activated ion channel
機能・相同性パルミチン酸
機能・相同性情報
生物種Dionaea muscipula (ハエジゴク)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jojoa-Cruz, S. / Saotome, K. / Lee, W.H. / Patapoutian, A. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 英国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL143297 米国
Wellcome Trust208361/Z/17/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N000145/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/R004722/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the Venus flytrap mechanosensitive ion channel Flycatcher1.
著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Kei Saotome / Che Chun Alex Tsui / Wen-Hsin Lee / Mark S P Sansom / Swetha E Murthy / Ardem Patapoutian / Andrew B Ward /
要旨: Flycatcher1 (FLYC1), a MscS homolog, has recently been identified as a candidate mechanosensitive (MS) ion channel involved in Venus flytrap prey recognition. FLYC1 is a larger protein and its ...Flycatcher1 (FLYC1), a MscS homolog, has recently been identified as a candidate mechanosensitive (MS) ion channel involved in Venus flytrap prey recognition. FLYC1 is a larger protein and its sequence diverges from previously studied MscS homologs, suggesting it has unique structural features that contribute to its function. Here, we characterize FLYC1 by cryo-electron microscopy, molecular dynamics simulations, and electrophysiology. Akin to bacterial MscS and plant MSL1 channels, we find that FLYC1 central core includes side portals in the cytoplasmic cage that regulate ion preference and conduction, by identifying critical residues that modulate channel conductance. Topologically unique cytoplasmic flanking regions can adopt 'up' or 'down' conformations, making the channel asymmetric. Disruption of an up conformation-specific interaction severely delays channel deactivation by 40-fold likely due to stabilization of the channel open state. Our results illustrate novel structural features and likely conformational transitions that regulate mechano-gating of FLYC1.
履歴
登録2021年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
B: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
C: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
D: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
E: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
F: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
G: Mechanosensitive ion channel Flycatcher1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)609,49714
ポリマ－607,7027
非ポリマー1,7957
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area37060 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area110750 Å2

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要素

#1: タンパク質
Mechanosensitive ion channel Flycatcher1


分子量: 86814.523 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dionaea muscipula (ハエジゴク) / 組織: Trigger hair / 器官: Trap / プラスミド: pEG / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The last 10 residues (GSGSLEVLFQ) are leftover of a linker and protease site.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FLYC1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.607 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Dionaea muscipula (ハエジゴク) / 器官: Trap / 組織: Trigger hair
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F / プラスミド: pEG
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMHEPES1
2150 mMNaCl塩化ナトリウム1
30.0004 mg/mLleupeptinロイペプチン1
40.0004 mg/mLaprotinin1
50.0004 mMpepstatin1
60.2 mMphenylmethylsulfonyl fluorideフッ化フェニルメチルスルホニル1
70.4 mMdiothiothreitol1
80.04 %GDN1
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 43

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2粒子像選択
2Leginon画像取得
4Gctf1.06CTF補正For CryoSPARC
5CTFFIND4CTF補正For RELION
8Coot0.9モデルフィッティング
10cryoSPARC2初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14Coot0.9モデル精密化
15PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
16Rosetta3.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1100000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255359 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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