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万見
- PDB-6yz2: Full length Open-form Sodium Channel NavMs F208L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yz2
タイトルFull length Open-form Sodium Channel NavMs F208L
要素Ion transport proteinIon transporter
キーワードMETAL TRANSPORT / Voltage Gated Sodium Channel (ナトリウムチャネル) / Membrane protein. (膜タンパク質)
機能・相同性Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / monoatomic cation channel activity / Ion transport domain / Ion transport protein / 細胞膜 / Ion transport protein
機能・相同性情報
生物種Magnetococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sula, A. / Sait, L.G. / Hollingworth, D. / Wallace, B.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L006790, BB/N012763 and BB/R001294 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Cannabidiol interactions with voltage-gated sodium channels.
著者: Sait, L.G. / Sula, A. / Ghovanloo, M.R. / Hollingworth, D. / Ruben, P.C. / Wallace, B.A.
履歴
登録2020年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5979
ポリマ－31,1291
非ポリマー2,4688
水1,67593
1
A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,38636
ポリマ－124,5154
非ポリマー9,87232
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area23330 Å2
ΔGint-265 kcal/mol
Surface area50960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.940, 108.940, 209.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NA

21A-302-

NA

31A-303-

NA

-
要素

#1: タンパク質 Ion transport protein / Ion transporter


分子量: 31128.680 Da / 分子数: 1 / 変異: F210L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetococcus marinus (strain ATCC BAA-1437 / JCM 17883 / MC-1) (バクテリア)
遺伝子: Mmc1_0798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0L5S6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 546.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M lithium sulphate, 0.1M HEPES, pH 7, and 40% v/v PEG200.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→104.68 Å / Num. obs: 32388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2771 / CC1/2: 0.953

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hvx

5hvx


解像度: 2.2→104.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU R Cruickshank DPI: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 1571 4.85 %RANDOM
Rwork0.2428 ---
obs0.2438 32388 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 179.42 Å2 / Biso mean: 76.37 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.4588 Å20 Å20 Å2
2---11.4588 Å20 Å2
3---22.9176 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→104.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 75 93 2198
Biso mean--85.57 80.43 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d770SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes342HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2149HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion290SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1836SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2149HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2894HARMONIC20.82
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.66
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 28 4.32 %
Rwork0.2214 620 -
all0.2201 648 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.5502 Å / Origin y: 71.8823 Å / Origin z: 31.5119 Å
111213212223313233
T0.1001 Å20.0574 Å2-0.0166 Å2--0.0091 Å2-0.0503 Å2--0.0024 Å2
L0.408 °2-0.078 °2-0.1651 °2-0 °2-0.0261 °2--1.0568 °2
S-0.0321 Å °-0.1056 Å °0.0183 Å °0.0548 Å °0.0031 Å °-0.0418 Å °-0.3899 Å °-0.048 Å °0.029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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