+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hxp | ||||||
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Title | Structure of citryl-CoA lyase from Hydrogenobacter thermophilus | ||||||
Components | Citryl-CoA lyase | ||||||
Keywords | LYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, acyl groups converted into alkyl on transfer / citrate synthase (unknown stereospecificity) / tricarboxylic acid cycle / lyase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hydrogenobacter thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Verstraete, K. / Verschueren, K. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2019 Title: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle. Authors: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hxp.cif.gz | 217.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hxp.ent.gz | 177.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hxp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6hxhC 6hxiC 6hxjC 6hxkC 6hxlC 6hxmC 6hxnC 6hxoC 6hxqC 6qclC 6qfbC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29912.203 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hydrogenobacter thermophilus (bacteria) Gene: ccl / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q75VX1 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-COA / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 45% MPD 0.1 M HEPES pH 7.5 200 mM NH4 acetate Protein sample buffer 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4 supplemented with 10 mM CoASH |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00003 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→48 Å / Num. all: 122838 / Num. obs: 63972 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.29 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.54 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 19899 / CC1/2: 0.47 / Rrim(I) all: 2.02 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: ACL holoenzyme structure from C. limicola Resolution: 1.45→47.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.046 / SU Rfree Blow DPI: 0.047 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.045
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Displacement parameters | Biso mean: 36.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.45→47.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.45→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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