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Yorodumi- PDB-4xoh: Mechanistic insights into anchorage of the contractile ring from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xoh | |||||||||
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Title | Mechanistic insights into anchorage of the contractile ring from yeast to humans | |||||||||
Components | Division mal foutue 1 protein | |||||||||
Keywords | CELL CYCLE / Mid1 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information polo box domain specific binding / mitotic cytokinesis, division site positioning / small GTPase binding => GO:0031267 / mitotic actomyosin contractile ring maturation / protein localization to mitotic actomyosin contractile ring / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / septin ring organization / medial cortex ...polo box domain specific binding / mitotic cytokinesis, division site positioning / small GTPase binding => GO:0031267 / mitotic actomyosin contractile ring maturation / protein localization to mitotic actomyosin contractile ring / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / medial cortical node / mitotic actomyosin contractile ring, proximal layer / septin ring organization / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring / cytoskeletal protein-membrane anchor activity / actomyosin contractile ring / cortical cytoskeleton organization / mitotic cytokinesis / nuclear envelope / lipid binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Schizosaccharomyces pombe (fission yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.801 Å | |||||||||
Authors | Chen, Z. / Wu, J.-Q. / Wang, J. / Guan, R. / Sun, L. / Lee, I.-J. / Liu, Y. / Chen, M. | |||||||||
Funding support | China, United States, 2items
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Citation | Journal: Dev.Cell / Year: 2015 Title: Mechanistic insights into the anchorage of the contractile ring by anillin and mid1 Authors: Sun, L. / Guan, R. / Lee, I.J. / Liu, Y. / Chen, M. / Wang, J. / Wu, J.Q. / Chen, Z. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xoh.cif.gz | 346.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xoh.ent.gz | 286.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xoh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xoh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xoh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36182.410 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Residues 579-680 and 710-920 from Division mal foutue 1 protein (MID1_SCHPO), linked by GGSTGSSGG Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (yeast) Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: mid1, dmf1, SPCC4B3.15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P78953 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 10% PEG 10000, 100mM MES, 1M LiCl, 2mM DTT, pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 103 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 19, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→68.4 Å / Num. obs: 26437 / % possible obs: 86.66 % / Redundancy: 7.9 % / Net I/σ(I): 3.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.801→68.4 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / Phase error: 33.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 85.925 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.801→68.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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