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- PDB-2bap: Crystal structure of the N-terminal mDia1 Armadillo Repeat Region... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bap
タイトルCrystal structure of the N-terminal mDia1 Armadillo Repeat Region and Dimerisation Domain in complex with the mDia1 autoregulatory domain (DAD)
要素(Diaphanous protein homolog 1透明) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Armadillo Repeats (アルマジロリピート) / all helical
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction ...negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction / RHO GTPases Activate Formins / protein localization to microtubule / profilin binding / cellular response to histamine / regulation of microtubule-based process / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon midline choice point recognition / regulation of cytoskeleton organization / 刷子縁 / synaptic vesicle endocytosis / ephrin receptor signaling pathway / cytoskeleton organization / actin filament polymerization / Neutrophil degranulation / マイクロフィラメント / sensory perception of sound / brain development / protein localization / 紡錘体 / ruffle membrane / small GTPase binding / neuron projection development / presynapse / 遺伝子発現 / actin binding / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / transmembrane transporter binding / positive regulation of cell migration / neuron projection / 中心体 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Formin, FH3 diaphanous domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain ...Formin, FH3 diaphanous domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Recoverin; domain 1 / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein diaphanous homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lammers, M. / Rose, R. / Scrima, A. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: The regulation of mDia1 by autoinhibition and its release by Rho*GTP.
著者: Lammers, M. / Rose, R. / Scrima, A. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2005年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Diaphanous protein homolog 1
A: Diaphanous protein homolog 1
D: Diaphanous protein homolog 1
C: Diaphanous protein homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9894
ポリマ－85,9894
非ポリマー00
水0
1
A: Diaphanous protein homolog 1
C: Diaphanous protein homolog 1

A: Diaphanous protein homolog 1
C: Diaphanous protein homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9894
ポリマ－85,9894
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
2
B: Diaphanous protein homolog 1
D: Diaphanous protein homolog 1

B: Diaphanous protein homolog 1
D: Diaphanous protein homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9894
ポリマ－85,9894
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)138.450, 138.450, 210.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12D
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERHISHISBA135 - 4351 - 301
21SERSERHISHISAB135 - 4351 - 301
12GLYGLYPHEPHEDC1180 - 119536 - 51
22GLYGLYPHEPHECD1180 - 119536 - 51

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Diaphanous protein homolog 1 / 透明 / Diaphanous-related formin 1 / DRF1 / mDIA1 / p140mDIA


分子量: 36534.020 Da / 分子数: 2 / 断片: mDia1 N-terminal regulatory domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Diaph1, Diap1 / プラスミド: pGEX4-T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08808
#2: タンパク質 Diaphanous protein homolog 1 / 透明 / Diaphanous-related formin 1 / DRF1 / mDIA1 / p140mDIA


分子量: 6460.428 Da / 分子数: 2 / 断片: mDia1 autoregulatory domain, DAD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Diaph1, Diap1 / プラスミド: pGEX4-T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08808

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 3.7 M NaFormiate pH 7.1, 100 mM HEPES pH 7.1, 4% (w/v) PEG5000-MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月28日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 18490 / % possible obs: 81.9 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 16.79
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / % possible obs: 0 % / Num. measured obs: 0 / Num. unique obs: 0 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1Z2C

1z2c


解像度: 3.3→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 38.004 / SU ML: 0.621 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.65 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.364 925 5 %RANDOM
Rwork0.288 ---
all0.292 18490 --
obs0.292 18490 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.189 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4960 0 0 0 4960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.996770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9075615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.41325.02247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.36415983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4591536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.22619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23463
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2720.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4111.53192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71824974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.69432018
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1324.51796
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数RmsタイプWeight
1B23660.61MEDIUM POSITIONAL0.5
1B23661.52MEDIUM THERMAL2
2D1110.48MEDIUM POSITIONAL0.5
2D1110.71MEDIUM THERMAL2
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.384 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 65 -
Rwork0.373 1231 -
all-1296 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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