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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n1h | ||||||
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タイトル | Initiation complex of polymerase lambda3 from reovirus | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / polymerase (ポリメラーゼ) / initiation complex (イニシエーション) / right hand configuration / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / viral nucleocapsid / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / nucleotide binding / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002 タイトル: RNA Synthesis in a Cage--Structural Studies of Reovirus Polymerase [lambda] 3 著者: Tao, Y. / Farsetta, D.L. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n1h.cif.gz | 273.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n1h.ent.gz | 212.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n1h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA
#1: RNA鎖 | 分子量: 1876.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: AUUAGC, RNA oligo ordered from Dharmacon |
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#2: タンパク質 | 分子量: 142423.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) 属: Orthoreovirus / 生物種: Mammalian orthoreovirus / 株: Dearing / 遺伝子: L1 / プラスミド: pFastbac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: P17378, UniProt: P0CK31*PLUS |
-非ポリマー , 6種, 189分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-G7M / | #5: 化合物 | ChemComp-GDP / | #6: 化合物 | ChemComp-CH1 / | #7: 化合物 | ChemComp-GH3 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG4000, sodium chloride, HEPES, glycerol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 30558 / Num. obs: 30558 / % possible obs: 79.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2846 / % possible all: 75.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 2-3 / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: lambda3 native structure 解像度: 2.8→29.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.4353 Å2 / ksol: 0.365407 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.42 Å / Luzzati sigma a free: 0.43 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.193 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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