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万見
- EMDB-50025: Cryo-EM structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50025
タイトルCryo-EM structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV pilus
マップデータ
試料
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus
    • タンパク質・ペプチド: Pilinピリン
キーワードType IV pilus (性繊毛) / CELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 性繊毛 / 細胞接着 / 生体膜 / ピリン
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Ochner H / Boehning J / Wang Z / Tarafder A / Caspy I / Bharat TAM
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust225317/Z/22/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/31 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/V026623/1 英国
The Lister Institute of Preventive MedicineLister Prize 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type-IV pilus
著者: Ochner H / Boehning J / Wang Z / Tarafder A / Caspy I / Bharat TAM
履歴
登録2024年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50025.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0383
最小 - 最大-0.061210725 - 0.11574289
平均 (標準偏差)0.0000031458221 (±0.0054348707)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 329.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50025_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50025_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus

全体名称: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus
要素
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus
    • タンパク質・ペプチド: Pilinピリン

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超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus

超分子名称: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 15 KDa

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分子 #1: Pilin

分子名称: Pilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 14.878889 KDa
配列文字列:
FTLIELMIVV AIIGILAAIA IPQYQNYVAR SEGASALATI NPLKTTVEES LSRGIAGSKI KIGTTASTAT ETYVGVEPDA NKLGVIAVA IEDSGAGDIT FTFQTGTSSP KNATKVITLN RTADGVWACK STQDPMFTPK GCDN

UniProtKB: ピリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度6.46 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5679 / 平均露光時間: 6.66 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.17 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 87.39 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 114537
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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