[日本語] English
万見
- EMDB-44538: Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44538
タイトルHuman DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology annealed conformation
マップデータMain sharp map
試料
  • 複合体: Human DNA polymerase theta helicase domain bound to stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang
    • 複合体: Human DNA polymerase theta helicase domain
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase thetaPOLQ
    • 複合体: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang
      • DNA: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang
キーワードDNA repair (DNA修復) / TMEJ / MMEJ / DNA binding protein (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis / DNA helicase activity / 塩基除去修復 / protein homooligomerization / 逆転写酵素 / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / ヘリカーゼ / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA修復 / DNA damage response / chromatin binding / ゴルジ体 / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain ...DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase theta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zerio CJ / Lander GC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F32CA288144 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10OD032467 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human polymerase theta helicase positions DNA microhomologies for double-strand break repair
著者: Zerio CJ / Bai Y / Sosa-Alvarado BA / Guzi T / Lander GC
履歴
登録2024年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_44538.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main sharp map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.2177589 - 1.7693835
平均 (標準偏差)0.00004691288 (±0.038699932)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 269.892 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_44538_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Locally filtered map

ファイルemd_44538_additional_1.map
注釈Locally filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_44538_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_44538_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human DNA polymerase theta helicase domain bound to stem-loop DNA...

全体名称: Human DNA polymerase theta helicase domain bound to stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang
要素
  • 複合体: Human DNA polymerase theta helicase domain bound to stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang
    • 複合体: Human DNA polymerase theta helicase domain
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase thetaPOLQ
    • 複合体: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang
      • DNA: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang

-
超分子 #1: Human DNA polymerase theta helicase domain bound to stem-loop DNA...

超分子名称: Human DNA polymerase theta helicase domain bound to stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20 KDa

-
超分子 #2: Human DNA polymerase theta helicase domain

超分子名称: Human DNA polymerase theta helicase domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang

超分子名称: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: DNA polymerase theta

分子名称: DNA polymerase theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.671344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: NLLRRSGKRR RSESGSDSFS GSGGDSSASP QFLSGSVLSP PPGLGRCLKA AAAGECKPTV PDYERDKLLL ANWGLPKAVL EKYHSFGVK KMFEWQAECL LLGQVLEGKN LVYSAPTSAG KTLVAELLIL KRVLEMRKKA LFILPFVSVA KEKKYYLQSL F QEVGIKVD ...文字列:
NLLRRSGKRR RSESGSDSFS GSGGDSSASP QFLSGSVLSP PPGLGRCLKA AAAGECKPTV PDYERDKLLL ANWGLPKAVL EKYHSFGVK KMFEWQAECL LLGQVLEGKN LVYSAPTSAG KTLVAELLIL KRVLEMRKKA LFILPFVSVA KEKKYYLQSL F QEVGIKVD GYMGSTSPSR HFSSLDIAVC TIERANGLIN RLIEENKMDL LGMVVVDELH MLGDSHRGYL LELLLTKICY IT RKSASCQ ADLASSLSNA VQIVGMSATL PNLELVASWL NAELYHTDFR PVPLLESVKV GNSIYDSSMK LVREFEPMLQ VKG DEDHVV SLCYETICDN HSVLLFCPSK KWCEKLADII AREFYNLHHQ AEGLVKPSEC PPVILEQKEL LEVMDQLRRL PSGL DSVLQ KTVPWGVAFH HAGLTFEERD IIEGAFRQGL IRVLAATSTL SSGVNLPARR VIIRTPIFGG RPLDILTYKQ MVGRA GRKG VDTVGESILI CKNSEKSKGI ALLQGSLKPV RSCLQRREGE EVTGSMIRAI LEIIVGGVAS TSQDMHTYAA CTFLAA SMK EGKQGIQRNQ ESVQLGAIEA CVMWLLENEF IQSTEASDGT EGKVYHPTHL GSATLSSSLS PADTLDIFAD LQRAMKG FV LENDLHILYL VTPMFEDWTT IDWYRFFCLW EKLPTSMKRV AELVGVEEGF LARCVKGKVV ARTERQHRQM AIHKRFFT S LVLLDLISEV PLREINQKYG CNRGQIQSLQ QSAAVYAGMI TVFSNRLGWH NMELLLSQFQ KRLTFGIQRE LCDLVRVSL LNAQRARVLY ASGFHTVADL ARANIVEVEV ILKNAVPFKS ARKAVDEEEE AVEERRNMRT IWVTGRKGLT EREAAALIVE EARMILQQD LVEM

UniProtKB: DNA polymerase theta

-
分子 #2: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang

分子名称: Stem-loop DNA with microhomology in the 3' overhang / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.264012 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHepes-NaOH
100.0 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.5 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細: Grids were glow discharged under vacuum for 30 s at 15 mA in a Pelco easiGlow 91000 Glow Discharge Cleaning System.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: 3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid ...詳細: 3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen..
詳細We added 2X pre-annealed DNA to the protein, lowered the NaCl concentration to 100 mM, and purified the DNA-bound complex by SEC.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 150.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 倍率（補正後）: 60024 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12440 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 5424691
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5a9j


詳細: 2P6R was also used for DNA
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 詳細: Ab-initio
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 詳細: Non-uniform refinement
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
詳細: Non-uniform refinement and local filtering by resolution
使用した粒子像数: 88854
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

5a9j

chain_id: A, residue_range: 67-892, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelProtein

2p6r

chain_id: X, residue_range: 6-19, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelDNA
詳細We modeled DNA bases into sharpened density when possible. We modeled the DNA backbone into locally filtered density in low resolution areas.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 53.26
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9bha:
Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology annealed conformation

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る